Ровно в полдень, когда в ВТЦ было максимальное количество посетителей, прозвучал мощный взрыв. Одна из башен вздрогнула, но чудом устояла. Взрыв был настолько мощным, что на месте фургона образовалась воронка 60 метров в диаметре. В результате взрыва погибло 6 человек и более 1000 получило ранения и увечья разной степени, а материальный ущерб составил 500 млн долларов. Ответственность за взрыв взяла на себя арабская террористическая организация «5-й батальон армии освобождения».
Рамзи был разочарован последствиями взрыва. Он ожидал большего. Теракт в ВТЦ стал одной из самых больших его неудач. Сразу же после взрыва все террористы, кроме главаря, были арестованы. Сам Рамзи, пользуясь пакистанским паспортом на имя Абдул Басид Карима, вместе с другим террористом Абдул Рахман Ясином бежал из США. Американские спецслужбы развернули широкомасштабную акцию по их розыску и аресту, к которой был привлечен Интерпол. На различных языках распространялись плакаты «Разыскиваются», где предлагалось вознаграждение до 2 млн долларов за любую информацию, позволяющую их обнаружить и задержать. Во многих странах распространялись даже коробки спичек с изображением Юсефа и Ясина. Информация была помещена в Интернет. Но все попытки быстро найти преступников оказались безрезультатными.
В это время Рамзи находился в Пакистане, где встретился со своей семьей, а затем скрывался в своеобразном пансионате «Байт Ашухад» («Дом мученика») в г. Пешеваре, построенном для террористов Усамой бен Ладеном. Там Юсеф встречался с террористами, среди которых был и его дядя. За время пребывания в Пакистане Рамзи спланировал и организовал несколько терактов. Часть из них оказалась успешно выполнена (ряд взрывов в Иране), другие были неудачными (покушение на президента Пакистана Беназир Бхуто).
Вместе со своим старым другом Абдул Мурадом и судьей Халидом Юсеф занялся инструктажем молодых террористов. В задачи учеников кроме стандартных требований входило и умение управлять пассажирским самолетом «боинг». После нескольких месяцев тренировок все трое террористов-инструкторов под видом туристов были направлены в Манилу. Здесь Юсеф и его единомышленники все время стремились быть на виду, много времени проводили с местными девушками. Для прикрытия своей деятельности Рамзи занялся подводным плаванием с аквалангом в живописных уголках филиппинской столицы. Время, проведенное в этой стране, было потрачено не зря. Именно там был придуман один из самых резонансных терактов под кодовым названием «Bojinka». План был гениально прост и бесчеловечен одновременно. Он включал в себя несколько этапов. Самым главным из них были покушения на Папу Римского Иоанна Павла II и Президента США Билла Клинтона. Проект второго покушения был отвергнут из-за чрезмерной сложности. А первый стал частью широкомасштабной операции «Боженька».
В начале операции планировалось задействовать минимум пять членов «Аль-Каиды» одновременно с целью уничтожить 11 пассажирских самолетов США над тихим океаном 21 января 1995 года. Если бы этот план удался, все террористы могли беспрепятственно вернуться на базу в Пакистане. Целью террористов на первом этапе было убить 4000 пассажиров и полностью парализовать работу воздушного транспорта во всем мире на несколько дней и даже недель.
Никогда еще террористическая деятельность не приносила Юсефу столько удовлетворения, как в Маниле.
21 мая 1994 года террористы под руководством Рамзи совершили теракт во время проведения финала конкурса «Мисс Вселенная». 13 ноября 1994 года, заложив взрывное устройство возле стойки бара, Юсеф произвел взрыв в маленьком кафе. 1 декабря 1994 года. Шах Амин Хан Вали взорвал манильский театр Гринбелг.
Руководство «Аль-Каиды» не могло допустить провала тщательно спланированной операции «Боженька». Поэтому Рамзи решил лично опробовать бомбу в действии, чтобы при необходимости внести коррективы. 11 декабря 1994 года на борту авиалайнера, летевшего по маршруту Манила – Себу – Токио, он собрал ее в туалете и спрятал под своим сидением. Взрывчатка имела достаточно хитрую конструкцию, в которой использовались как таймер цифровое табло «Касио» и фактически не поддающийся обнаружению жидкий нитроглицерин. Юсеф покинул самолет в аэропорту острова Себу на Филиппинах, а авиалайнер продолжил свой путь в Японию. Когда самолет подлетал к конечной точке полета, кресло с японским предпринимателем, занявшим место Юсефа, взорвалось. Японец погиб на месте, а самолет сильно накренился и начал падать. Благодаря мужеству и профессионализму пилотов его все же удалось благополучно посадить в Токио. Из пассажиров больше никто не пострадал. Рамзи пришел к выводу, что необходимо увеличить мощность взрывного устройства.