Кроме того в состав Императорского военно-морского флота входило несколько авиационных частей, предназначенных для авианосцев. Для таких отрядов зарезервировали номера с 1 по 10, однако, на практике, число их никогда не превышало пяти. В свою очередь из авианосцев формировали дивизионы, в каждом дивизионе было по две авиационные части. Авианосцы не только служили базами для самолетов, но и подчинялись авиационному командованию. Часто используемый штамп «авианосцы адмирала Нагумо» означает «палубная авиация адмирала Нагумо», поскольку Нагумо фактически командовал 11-м Воздушным флотом (Коку Кантай), а не самими авианосцами, которые подчинялись другим командирам. Когда авиационная часть базировалась на определенном дивизионе авианосцев (а сами по себе дивизионы авианосцев не были самостоятельной тактической единицей), это означало, что авианосцы поступали в распоряжение военных летчиков.
Собственную организацию имели Силы наземного базирования (конкёчитай). Первоначально, конкёчитаи формировали для зашиты территорий, на которых они сами базировались. Таким образом формировалась цепь наземных аэродромов для контролирования оккупированных территорий. Во главе каждой Базы стоял военный в чине вице- адмирала, который, как правило, командовал кантаем этого региона. Вице- адмиралу подчинялись все тактические части и соединения (морские, наземные и воздушные), расположенные на территории Базы.
Для координирования действий сухопутных и воздушных частей формировали Военно-воздушные Базы (Кичи Коку Бутай), которых было семь. В середине 1944 года эта организация была представлена следующим образом:
* Первая база включала 11 -й Воздушный флот с командованием в Рабауле и подчинялась Силам наземного базирования юго-восточного региона.
* Вторая база включала 12-й Воздушный флот (командование в Симусю) и подчинялась Силам наземного базирования северо-восточного региона.
* Третья база включала 13-й Воздушный влот (командование в Маниле) и подчинялась Силам наземного базирования юго-западного региона.
* Четвертая база включала 14-й Воздушный флот (командование на Сайпане) и подчинялась Силам наземного базирования центрального региона.
* Пятая база включала 1-й Воздушный флот (командование в Давао) и непосредственно подчинялась Объединенному флоту.
* Шестая база включала 2-й Воздушный флот (командование в Каноя).
* Седьмая база включала 3-й Воздушный флот (командование в Кисаразу).
В структуре военно-воздушные базы в свою очередь выделялись военно-воздушные штурмовые силы.
Кроме всех упомянутых выше соединений, частей и подразделений, военная авиация включала в свой состав большое количество вспомогательных частей: учебных, материально-технического снабжения, ремонтных, строительных, транспортных и т.д.