Пакистанский «Талибан» организационно отличается от афганского. Он возник в результате событий, произошедших после 2001 г. «Аль-Каида» бежала из Афганистана в Пакистан с большими деньгами и начала платить людям на территории племен и в других местах за проживание там и защиту. Затем США оказали давление на генерала Мушаррафа, чтобы он уничтожил «Аль-Каиду», направив пакистанскую армию в племенные районы – впервые с 1947 г., когда вывод пакистанской армии стал важным компонентом соглашения, в соответствии с которым племена согласились присоединиться к новому государству Пакистан. Когда Мушарраф направил войска в ФАТА, местные боевики начали организовываться для сопротивления, получив некоторую первичную народную поддержку в защиту традиционной автономии. Боевики изначально не называли себя талибами, и на самом деле они были менее «клерикальны», нежели афганские талибы, имея в своих рядах меньше настоящих студентов медресе и больше молодых соплеменников, радикализованных ситуацией в ФАТА и контактами с «Аль-Каидой». В отличие от афганских талибов, пакистанские часто мобилизовывались по племенному принципу.
Головная их группа вела свое происхождение из племени мехсуд, жившего в Южном Вазиристане. В декабре 2007 г. Байтулла Мехсуд сумел собрать большинство разрозненных отрядов повстанцев под своим руководством и основал «Техрик-е Талибан Пакистан» (Движение талибов Пакистана). ТТП является типичной «зонтичной» организацией, состоящей из слабо связанных между собой групп, и она пережила несколько расколов, слияний и новых разделений ранее слившихся частей, особенно после того, как американские беспилотники убили Байтуллу и его преемника Хакимуллу Мехсуда, что привело к борьбе племен за лидерство.
Несмотря на то что движение талибов приняло название «Талибан», на него в большей степени повлияли «Аль-Каида» и ее союзники-джихадисты, и оно было создано в первую очередь для борьбы с пакистанской армией, даже при том, что также помогло афганскому «Талибану», отправив некоторых боевиков в Афганистан. Отношения с ТТП иногда становились источником затруднений для афганских талибов, поскольку последние зависели от поддержки пакистанских военных. Кветтская шура, в частности, избегала иметь дело с этим опасным союзником. Хакканисты, чья база находилась в Северном Вазиристане, установили с «Движением талибов Пакистана» более тесные отношения. Служба ISI, в свою очередь, использовала хакканистов в качестве посредников в отношениях с пакистанскими талибами. Пакистанская армия пыталась заключить с ТТП перемирие, призывая пакистанских талибов обратить внимание на Афганистан, но эти увещевания срабатывали только на короткое время. В конце концов, афганскому «Талибану» пришлось разорвать отношения с «Техрик-е Талибан Пакистан». Впоследствии это привело к тому, что в 2015 г. несколько командиров ТТП перешли на сторону «Исламского государства».
Талибы из «Техрик-е Талибан Пакистан» никогда не были очень опытными в военном отношении и, возможно, по этой причине обратились к практике терроризма в городах Пакистана как к наиболее эффективному инструменту давления на пакистанские власти. Цель, по-видимому, состояла в том, чтобы шантажом заставить их смириться с более широким присутствием в районах проживания племен «Аль-Каиды» и союзных с ней группировок, особенно созданных выходцами из Центральной Азии.
Пакистанское военное наступление 2014 г., направленное против «Движения талибов Пакистана» и носившее название «Зарб-и азб» («Рубящий удар»), позволило ослабить контроль
талибов над территориями внутри Пакистана, вынудив многих активных участников движения перебраться в такие города, как Карачи и Пешавар, или в Афганистан, откуда они время от времени совершают рейды в Пакистан. Некоторые из тех, кто бежал в Афганистан, помогли основать в этой стране так называемое «Исламское государство». «Исламское государство» в этом районе обычно называют «ДАИШ» («Daesh»), используя арабскую аббревиатуру названия «Исламское государство в Ираке и Шам-се (Сирия)». Само «Исламское государство», однако, назвало свои афганские подразделения «Исламским государством в провинции Хорасан» («Вилаят Хорасан»).
«Вилаят Хорасан» был в значительной степени создан диссидентски настроенными лидерами афганских талибов, которые переняли радикальный салафитский джихадизм у своих арабских товарищей в Гуантанамо, у бывших членов «Техрик-еТалибан Пакистан» из племени оракзай, бежавших в восточную провинцию Нангархар в результате борьбы за лидерство в ТТП в 2014 г., и прежних союзников «Аль-Каиды» из Исламского движения Узбекистана (ИДУ) и других групп из Центральной Азии. В период с 2014 по 2017 г. несколько тысяч членов этих организаций перешли на сторону «Исламского государства», в результате чего их родные организации ослабли.