Поскольку у него не было денег, а войска его покидали, Наджибулла согласился расстаться с президентским постом и 18 марта выступил с телевизионной речью, в которой объявил о своей готовности уйти в отставку в рамках урегулирования. Но поскольку никто не мог гарантировать безопасность вооруженных сил, началось восстание, и партия «Батан» сместила Наджибуллу с поста лидера. В итоге 16 апреля, когда Наджибулла попытался доехать до аэропорта, чтобы вылететь в Индию, куда уже прибыла его семья, сторонники Дустума и Кармаля во главе с братом Кармаля Махмудом Барьялаем перекрыли ему путь к бегству. Он нашел пристанище в здании миссии ООН, где оставался до сентября 1996 г., когда талибы и сопровождавшие их пакистанские офицеры ISI вытащили его оттуда и убили.
Командующий кабульским гарнизоном генерал Наби Азими, таджик, передал военную власть Масуду, чьи войска вошли в город с севера. Масуд, который к тому времени считал международный план неуместным, пригласил временное правительство, выбранное лидерами моджахедов в Пешаваре (за вычетом Хекматияра), в Кабул. Они прибыли в город и провозгласили создание «Исламского государства Афганистан». С войсками Масуда, контролирующими Кабул, столица фактически оказалась под таджикским контролем – впервые с 1929 г. и всего во второй раз с 1747 г.
Пакистан больше не доверял правительству, сформированному под его контролем, поскольку после переезда в Кабул его безопасность должна была зависеть от Масуда. Исламабад бросил свои ресурсы на поддержку Хекматияра, войска которого вошли в Кабул с юга. Масуд и его союзники – Дустум, Халили, Сайяф и другие – сформировали с помощью Ирана Северный альянс («Иттилаф-и Шамали») и вытеснили силы Хекматияра из города. При поддержке Пакистана Хекматияр начал ракетные обстрелы Кабула. Они продолжались годами, убивая тысячи мирных жителей.
Раббани так и не удалось созвать обещанную шуру, не говоря уже о проведении выборов. Поскольку он оставался на своем посту после истечения срока, предоставленного ему Пешаварским соглашением, его и без того потрепанная легитимность еще больше ослабла. Пешаварское соглашение распределило министерства (так же как и провинции) между партиями, которые относились к ним как к частным вотчинам, а не как к государственным учреждениям. Между группировками, первоначально присоединившимися к Северному альянсу, вспыхнули боевые действия. В течение последующих нескольких лет некоторые из них перешли от Масуда к Хекматияру, иногда при содействии ISI. Как в Кабуле, так и в провинциях столкновения между группировками нанесли населению тяжелый урон. По оценкам Международного комитета Красного Креста (МККК), в ходе боевых действий между ними только в Кабуле в 1992–1996 гг. погибло около пятидесяти тысяч гражданских лиц.
Боевые действия приобретали все более этнический характер. Национальных сил безопасности, которые включали бы в себя представителей всех народностей, больше не существовало. Их место заняли патронажные вооруженные группы, которые приобрели этнический характер вследствие принципа их вербовки, даже при отсутствии этнической идеологии. Вся политика носила военный характер, бои шли между фракциями, а фракции были этническими. Такие сражения порождали ненависть к представителям «чужих» этнических групп. Некоторые пуштуны возмущались захватом Кабула таджикскими войсками, что напомнило им о 1929 г., а некоторые таджики и другие возмущались тем, что они считали попытками пуштунов восстановить этническое превосходство.
Некоторые районы были спорными: Дустум и Исмаил-хан неоднократно вступали в стычки на границе Фарьяба с Гератом, а вдобавок к тому Дустум оспаривал Кундуз у «Джамиата» с Сайяфом. Таджикские, узбекские, пуштунские, хазарейские и другие ополченцы сражались друг с другом за контроль над таможенными постами, заводами и дорожными узлами в Балхе. Пуштунские ополченцы из разных племен воевали и грабили в Кандагаре. Централизованный сбор государственных доходов почти прекратился. Полицейские силы находились под контролем различных группировок. Суды все еще заседали, но ни одно государственное учреждение не следило за исполнением их приговоров. Поскольку судьям почти не платили, а высшими властями были полевые командиры, судебная система стала глубоко коррумпированной. Вооруженные группы установили контрольно-пропускные пункты вдоль автомагистралей, взимая незаконные «сборы», а иногда нападая на путешественников и торговцев и даже убивая их. Воспоминания об этом периоде остаются травмирующими. В Кабуле, например, люди рассказывают о трупах, которые еще дергались после того, как их обезглавили соперничающие ополченцы.
Ситуация отличалась от места к месту и менялась с течением времени – так, в Кабуле было относительно спокойно в период 1995–1996 гг., когда Масуд оттеснил многих своих соперников, а талибы победили остальных, включая Хекматияра. При правлении Исмаил-хана Герат был стабильным и даже относительно процветающим.