Во время терактов 11 сентября Карзай был в Кветте, но Пакистан вскоре отозвал его визу. У него не имелось военного опыта – во время антисоветского джихада и в первые годы существования Исламского Государства Афганистан он был фигурой политической. Тем не менее он вернулся в Афганистан на мотоцикле. Сопровождаемый сотрудником ЦРУ, он собрал своих сторонников из числа вооруженных попалзаев и некоторых других. К концу ноября он и его люди достигли деревни Шах-Вали-Кот, расположенной примерно в пятидесяти милях к северо-востоку от Кандагара. Мулла Омар и Карзай провели через посредника переговоры, а 5 декабря пришло известие, что Боннская конференция избрала последнего главой временной администрации Афганистана. С этого момента личная история Карзая слилась с историей страны.
10 ноября 2001 г. президент Буш на Генеральной Ассамблее ООН заявил: «Соединенные Штаты будут сотрудничать с ООН после падения режима талибов ради поддержки того правительства, которое будет представлять весь афганский народ».
Во время выборов 2000 г. Джордж Буш проводил кампанию против вовлеченности Америки в чье-либо «государственное строительство». Но госсекретарь Колин Пауэлл убедил его в том, что США должны что-то сделать для замены режима талибов. Возложение ответственности на ООН должно было поставить галочку в соответствующей графе, но без того, чтобы США взяли на себя ответственность за происходящее.
Генеральный секретарь ООН Кофи Аннан напомнил Лахдару Брахими о возобновлении работы того в качестве Специального представителя Генерального секретаря (СПГС) для наблюдения за этой миссией. Консультации Брахими привели к созыву Конференции ООН по Афганистану в Бонне (Германия), продлившейся с 29 ноября по 6 декабря 2001 г.
С самого начала у США и ООН были разные цели. Для Аннана и Брахими война началась в 1978 г. Когда Женевские соглашения 1988 г. и вывод советских войск 1989 г. не смогли положить конец войне, ООН предприняла новые миротворческие усилия. Брахими руководил этими усилиями с 1997 по 1999 г., и Аннан опять призвал его, чтобы он еще раз попытался положить конец двадцатитрехлетнему конфликту. Миротворчество и миростроительство были их главными целями. Для США война началась в 2001 г. Боннское соглашение и гражданские операции в Афганистане были для них частью военных усилий, направленных против «Талибана» и «Аль-Каиды», а не частью мирных усилий, производимых от имени народа Афганистана.
В боннских переговорах приняли участие четыре афганские делегации. Наиболее влиятельными среди них были Объединенный фронт, обычно называемый Северным альянсом, и римская группа. Объединенный фронт был коалицией непуштунских и исламистских вооруженных группировок, которые сопротивлялись талибам от имени Исламского Государства Афганистан и возглавляемого президентом Бурхануддином Раббани правительства, изгнанного талибами из Кабула в 1996 г. Ко времени открытия Боннской конференции силы Наблюдательного совета Севера (SCN), ударные войска Объединенного фронта, созданные покойным Ахмад-шахом Масудом, уже вновь заняли Кабул. Этнический состав и географическое происхождение этих сил напоминали те, которые в 1928 г. свергли Амануллу-хана и привели к власти эмира Хабибуллу Калакани (Бача-и Сакао).
Хабибулла был разгромлен и повешен Надир-ханом, отцом Захир-шаха, который возглавлял римскую группу, также участвовавшую в боннских переговорах. Названная в честь города, в котором бывший король жил с момента своего свержения в 1973 году, римская группа включала в себя представителей изгнанной элиты времен королевского режима. Они собрались вокруг Захир-шаха после 1983 г., когда бывший король призвал к урегулированию афганского конфликта на основе созыва Лойя Джирги.
Другими участниками были пешаварская и кипрская группы, которые, по общему мнению, защищали интересы Пакистана и Ирана соответственно. Пешаварская группа, возглавляемая семьей Гайлани, была выбрана на джирге старейшин пуштунских племен, созванной ISI в Пешаваре. Члены кипрской группы с различными взглядами и опытом работы собрались на Кипре при поддержке Ирана в качестве альтернативы римской группе. Их возглавлял зять Гульбеддина Хекматияра, находящийся под домашним арестом в Тегеране.
Совещание в Бонне созвала ООН. Другие заинтересованные международные стороны направили представителей, которые не участвовали в пленарных заседаниях, но с которыми Брахими и афганские участники могли консультироваться. Присутствие американских, иранских и российских представителей позволяло ООН при необходимости связаться с афганскими руководителями на местах.
Конференция разработала и одобрила соглашение о «временных механизмах, действующих до восстановления постоянных правительственных институтов в Афганистане». Двумя пунктами повестки дня конференции были: