• Выборы признанного международным сообществом временного органа для установления контроля над государством после поражения талибов;
• Составление дорожной карты, показывающей, как временная администрация будет руководить политическим процессом, чтобы расширить свою базу поддержки и воссоздать полностью законное правительство.
Среди афганских участников политическую стратегию предложил только Наблюдательный совет Севера, и только римская группа выдвинула план переходного периода. Хотя Юнус Кануни, глава делегации Объединенного фронта и один из главных помощников Масуда, не говорил этого открыто, вскоре стало очевидным: SCN стремится использовать переговоры для формирования коалиции с римской группой и отстранения Раббани. Чтобы этого избежать, 17 ноября 2001 г. при поддержке и финансировании России Раббани вошел в Кабул, где провозгласил себя президентом. Он поручил Кануни выслушивать и докладывать ему, что происходит в Бонне, но ни с кем ни о чем не договариваться. Вместо этого, оказав демонстративное неповиновение, Кануни принял участие в обсуждении состава нового правительства. (У него не было особого выбора, поскольку он и его делегация были доставлены на встречу на британском военном самолете, и госсекретарь Пауэлл поручил своему посланнику Джеймсу Доббинсу проследить, чтобы они не уехали.)
Американские дипломаты, поддержанные военными на местах, настаивали на том, чтобы Раббани передал власть новому правительству. После первоначальных колебаний Россия и Иран присоединились к США в поддержке урегулирования в Бонне, не оставив Раббани иного выбора, кроме как согласиться.
Напряженность, связанная с необходимостью соблюдения этнического баланса, пронизывала всю работу совещания, хотя участники редко говорили об этом напрямую. Слабость пуштунского руководства, не принадлежащего к движению «Талибан», на большей части территории страны, а также взятие Кабула таджиками, в основном из Панджшера, вызвали беспокойство по поводу того, что пуштуны могут оказаться маргинализованными. На первом заседании никто не говорил на пушту. Лидеры Объединенного фронта, римской группы и кипрской группы говорили на персидском языке, в то время как лидер пешаварской группы говорил по-английски. В середине переговоров Хаджи Абдул Кадир из джелалабадского клана Ареала, чья «Восточная шура» вступила в союз с Объединенным фронтом и находилась в Бонне в составе их делегации, отказался участвовать в дальнейшей работе совещания, заявив, что пуштуны недостаточно представлены на переговорах. Позже он стал губернатором Нангархара, а затем вице-президентом и, находясь в этой должности, был убит в июле 2002 г.
В конце встречи представитель пешаварской группы Анвар-уль-Хак Ахади отказался подписать соглашение на том основании, что совещание было недостаточно репрезентативным из-за малой представленности на нем пуштунов. Он был лидером пуштунской националистической партии «Афган меллат», а потом стал управляющим центрального банка, министром торговли и министром финансов.
В Бонне ООН попыталась помочь афганцам разработать процесс справедливого решения проблемы этнического баланса. Этот процесс, начавшийся с созыва Чрезвычайной Лойя Джирги, мог пригласить к участию в новой системе управления страной и талибов.
Поскольку посланцы Объединенного фронта прибыли в Бонн, не имея никаких идей о том, как управлять страной в течение переходного периода, кроме как оставаться на занимаемых ими в тот момент руководящих должностях, конференция опиралась на план, разработанный римской группой. План предусматривал этапы переходного периода, узаконенные сначала Чрезвычайной Лойя Джиргой (ELJ), а затем Конституционной Лойя Джиргой (CLJ). Ни у одного из этих органов власти не имелось четких определений, но общее понимание заключалось в том, что делегаты ELJ будут выбраны в соответствии с временными процедурами, подходящими для страны, только выходящей из войны, в то время как CLJ будет максимально соответствовать прежним законам, определяющим Лойя Джиргу. Временное правительство должно было действовать в течение шести месяцев, в течение которых оно назначило бы Независимую комиссию для созыва Чрезвычайной Лойя Джирги. Задачей ELJ будет выбор «переходного» правительства. Переходное правительство, которое таким образом будет создано в Афганистане, окажется более представительным, чем временный орган, образованный в Бонне, поскольку в состав ELJ войдут все те, кто, по словам Брахими, «по той или иной причине не смог присутствовать в Бонне». Брахими и ООН понимали, что речь идет о талибах, но США и другие страны не желали этого принимать.