Структура и состав временного органа были наиболее спорными вопросами, поскольку они определяли первоначальное распределение властных полномочий. Политическая легитимность нового правительства должна была частично зависеть от убеждения неталибского большинства пуштунов в том, что свержение прежних правителей и захват Кабула таджикскими вооруженными силами послужат национальным, а не этническим целям. Соглашение о временном главе государства-пуштуне помогло бы избежать видимости этнической победы таджиков. По словам его соратников, перед своей смертью Масуд пришел к такому же выводу. В Бонне Карзай был кандидатом от Объединенного фронта, ООН и США. Однако в его собственной римской группе у него было мало поддержки.
В знак уважения к бывшему королю в Боннском соглашении не совсем точно указывалось, что Захир-шах отклонил просьбу участников возглавить правительство. Захир-шах согласился с этим заявлением и не проявил склонности к власти или политике, несмотря на амбиции других членов его семьи. Римская группа утверждала, что, поскольку они были представителями бывшего короля, они имели право выбирать лидера. Участники конференции согласились с тем, что римская группа может назначить лидера, который будет утвержден, если ни одна другая группа не будет против него возражать. Римская группа проголосовала за то, чтобы главой временного органа стал лидер ее делегации в Бонне Абдул Саттар Сират, что противоречило бы стратегии ООН, Объединенного фронта и США по обеспечению хотя бы символического пуштунского лидерства (Сират, бывший главный судья, по разным данным, является узбеком или таджиком). Когда Брахими поинтересовался мнением Объединенного фронта, Кануни сказал, что не может возражать, потому что Сират женат на двоюродной сестре его жены. Таким образом право наложить вето на кандидатуру Сирата было предоставлено Хамиду Гайлани, главе пешаварской группы. В результате делегаты согласились с заранее подготовленным выбором, то есть с кандидатурой Карзая.
Затем Наблюдательный совет Севера предложил, чтобы премьер-министром при Карзае в качестве главы государства стал Кануни, в то время как другие лидеры SCN (все – уроженцы Панджшерской долины) контролировали бы все силовые министерства и ведомства, включая министерства иностранных дел, обороны, внутренних дел и разведку. Окончательное соглашение сохраняло монополию SCN на эти должности, но не включало в их число должность премьер-министра. Карзай, временный президент, стал главой государства и правительства, обладая монополией на назначения, что заложило основу для грядущих перемен.
В сочетании с принятием конституции 1964 г. в качестве правовой основы для деятельности правительства, создание президентской системы оставило значительно ослабленные централизованные структуры Афганистана на своих местах. Обычно говорят, что неуместную централизованную систему Афганистану «навязали» США и ООН. Централизованный характер правовой системы афганского государства действительно может показаться неуместным, но все, что сделало Боннское соглашение, это оставило ее в прежнем виде. То, как на самом деле действовало государство, было другим вопросом и определялось скорее распределением денег и оружия, нежели чем-либо согласованным в Бонне.
Когда соглашение, сделавшее его президентом, было оглашено, Карзай все еще находился в Шах-Вали-Коте. На следующий день после подписания Боннского соглашения, то есть 6 декабря, он и руководство движения «Талибан» в Кандагаре договорились о перемирии. Талибы согласились передать временной администрации четыре провинции, которые они все еще контролировали. Взамен Карзай пообещал талибам амнистию и то, что мулла Мухаммад Омар сможет достойно жить в Кандагаре. Никаких документальных свидетельств этого соглашения, как известно, не сохранилось. Сообщение о нем основано на показаниях его участников.
Пределы власти Карзая стали очевидны немедленно. На брифинге для прессы в Пентагоне госсекретарь Рамсфелд дезавуировал соглашение Карзая с талибами. Он ответил на неоднократные вопросы о нем, заявив, что «никакого решения путем переговоров не будет». США проводили политику, согласно которой «те, кто укрывает террористов, должны разделить их судьбу», и задерживали всех высокопоставленных (а также некоторых не очень высокопоставленных) лидеров талибов, которых они могли найти, даже тех, кто сдался сам и предложил помочь найти бен Ладена. Это аннулировало любые обещания об амнистии в обмен на капитуляцию, данные афганскими лидерами в соответствии с имеющейся традицией. Так, Дустуму пришлось выдать Нури и Фазла, освобождения которых талибы потребовали в ноябре 2010 г. на своих первых после 11 сентября прямых переговорах с США. Эти лидеры «Талибана» присоединились к делегации талибов на переговорах в Дохе в 2019 г.