Первые систематические раскопки после выккупа и сноса частных домов, стоящих на этой территории, были проведены в середине XIX в. В ХХ в. раскопки проводились разными группами археологов с 40-х годов. Первыми отреставрированными строениями Римской агоры были ворота Афины Архигетис и Башня Ветров (1915-1919). В 1942 г. восстановили часть колонн восточного перистиля, в 1963 г. – три колонны южного перистиля и их архитравы (перекладины).
Интересно, что древние письменные источники не упоминают Римскую агору. Остается загадкой, почему Павсаний, детально описавший во II в. афинскую Агору и библиотеку Адриана, даже не упомянул этот рынок.
Стоя Римской агоры имела два ряда колонн ионического ордера высотой 4.7 м без каннелюр и окружала торговую площадь размером 111х98 м со всех четырех сторон. Изнутри стоя представляла собой открытую колонную галерею, в которую можно было свободно заходить с рынка, а снаружи была огорожена невысокой стеной с двумя пропилеями. Между колоннадой и стеной находились склады для товара. Во время правления императора Адриана торговая площадь была выложена плитами. Колонны большей части стои были выкопаны и отреставрированы. Во время точечных раскопок под зданиями была найдена часть колонн, и теперь они также лежат и стоят в углу перистиля.
На самих колоннах и на стилобате (фундаменте) южной колоннады есть надписи вроде "ΑΓΑΘΗ ΤΥΧΗ, ΤΟΠΟΣ ΕΠΙΦΑΝΙΟΥ", "ΤΟΠΟΣ ΑΓΑΘΟΚΛΗ, ΕΥΤΥΧΕΙΤΩ" и другие. Они обозначают места ("ΤΟΠΟΣ"), где поименованные торговцы продавали свои товары или держали магазины позади колоннады. Сейчас несколько различимых надписей можно увидеть только на стилобате южной колоннады между 11 и 12-й колоннами напротив фонтана. Здесь же есть несколько круглых дыр, которые использовались для измерений.
Огораживание древней агоры стоей началось во многих греческих городах во 2 в. до н. э. В конце концов, строители пришли к такой форме стои, при которой она огораживала и защищала весь рынок. Так, в Риме при Юлии Цезаре был построен форум Юлия – практически точная копия афинской Римской агоры, за исключением того, что он предназначался не для торговли, а для встреч со сторонниками и поклонниками.
Стены, окружавшие стою, были построены из блоков песчаника, но до наших дней они сохранились только на восточной и южной сторонах.
Между центральными колоннами этой пропилеи можно увидеть дллинную надпись, по которой была проведена датировка строительства Римской агоры. Надпись выражала благодарность горожан Гаю Юлию Цезарю и Афине Архигетис.
В северном проеме западной пропилеи также есть надпись, сделанная при императоре Адриане, указывающая на размер налога, который должны были платить торговцы маслом.
По свидетельствам и рисункам путешественников XIX в., на вершине западной пропилеи стояла конная статуя внука Октавиана Августа – Луция Цезаря. Статуя, как и ее постамент с надписью, до наших дней не дошли. Эти же путешественники упоминали, что в сандрике (декоративном карнизе) пропилеи стояла статуя другого внука Августа, Гая Цезаря. Здесь же, а также по всей агоре, стояли статуи самого Октавиана Августа и членов его семьи, включая его жену Ливию в образе Венеры.
В пяти метрах к югу от западной пропилеи шла дорога, соединявшая греческую и Римскую агоры. Приблизительно в 100 г. н. э. она была выложена плиткой, а вокруг были построены галереи и магазины.
Ворота в восточной части стои были построены в ионическом стиле. Колонны этой пропилеи не имеют канелюр.