Как сообщает Павсаний, имя города, видимо, связано с местным культом Деметры. Мегарами назывались подземные храмы, где горожане ежегодно приносили в жертву поросят. Возможно, Мегары были местом изначального культа Деметры и Персефоны, и лишь строительство святилища в Элевсине привлекло к соседям мегарцев значительное внимание, а афиняне поспособствовали тому, чтобы религиозный центр общегреческого значения оказался под их контролем. В пользу такой гипотезы говорит тот факт, что в никакого подземелья под элевсинским Телестерионом не найдено.
Версию о беотийском происхождении эпонима Мегарея, оказавшего помощь местному царю Нису в войне против критян и Миноса и погибшего в бою, следует признать сомнительной – скорее всего, связанной с политическими целями беотархов, претендующих на Мегариду. Сами же мегарцы, по словам Павсания, отрицали даже сам факт их войны с Миносом – эта война всецело была крито-афинским конфликтом, и Мегары не касалась. Этому противоречит название острова напротив порта Нисея – Миноя. Закрепление топонима вряд ли могло быть случайным. Аполлодор передает версию, согласно которой Минос захватил Мегары, и в сражении погиб не только Нис, но и Мегарей. Причем, поражение мегарцев связывается с предательством дочери Ниса Скиллы. Минос взял ее на свой корабль, но потом сбросил в море, и труп Скиллы был вынесен на берег у южной оконечности Пелопоннеса близ Гермионы.
Беотийская версия предполагала, что Мегара была захвачена критянами, а царь был Нис убит. После чего город был освобожден его зятем Мегареем, женатым на дочери Ниса. Затем унаследовал власть и приводил город в порядок зять Мегарея элеец Алкафой, заново отстроивший разрушенный критянами акрополь. Если происхождение Мегарея осталось в источниках смутным, то Алкафой – сын Пелопа (наряду с Атреем, Фиестом и Питфеем), относительно которого хронология и генеалогия подтверждают такое родство. В других случаях все попытки связать родословия царей с Пелопом оказываются выдуманными или произвольно приписанными к Пелопу-древнему.
После правления Ниса в Мегаре и Эгея в Афинах царство вновь было объединено Тесеем, который также провел размежевание между Аттикой (Ионией) и Пелопоннесом. Мегара теряет свое знание и не учитывается Гомером как самостоятельное государство – не упоминается. Но у Гомера упоминается город Ниса – видимо, определенную независимость сохранило портовое поселение.
Накануне Трянской войны власть над Мегарой унаследовал Аякс Великий, внук Алкафоя, за которым также осталась и власть над Саламином. С тамошней династией у Мегары были давние связи. Царь Эак был женат на дочери Скирона Эндеиде, их сын Теламон – на дочери Алкафоя Перибее.
После того, как Аякс отбыл под Трою и там сложил свою голову, царем Мегары был Гиперион, сын Агамемнона, который был убит заговорщиками – возможно, как-то связанными и с убийцами самого Агамемнона. После этого мегарцы решили выбирать правителей, называвшихся эсимнетами – по имени мегарца Эсимна, по инициативе которого был построен городской Совет. Видимо, вместе с "демократией" Мегару постиг глубокий кризис – как и большинство микенских центров после Троянской войны (середина 12 в. до н.э.).
Возрождение Мегары связано с захватом и заселением города дорийцами, пришедшими с Пелопоннеса. В битве на реке Илисе погиб афинский царь Кодр, сын Меланфа, и Мегарида была отторгнута у Аттики (11 в. до н.э.). Дорийские поселенцы, видимо, были гораздо многочисленнее, чем коренные жители пришедшего в упадок городка. Поэтому с этих пор обычаи и язык мегарцев стали дорийскими. Геродот считал, что и Мегару основали дорийцы. Но, скорее, можно говорить о том, что город был возрожден после периода упадка и восстановлен силами переселенцев.
Главными инициаторами похода на Аттику и захвата Мегариды предание считает дорийцев Коринфа из Мессении, но несомненно существенное участие в это деле и Аргоса. Источники сообщают об исходе части дорийцев из Мегары на Крит под предводительством Алтемена Аргосского. Видимо, это было присоединение к довольно значительной экспедиции, организованной по инициативе Аргоса. На тесную связь Мегары, Коринфа и Аргоса указывает общий культ Геры Акреи (Хранительницы горных вершин), который в Мегариде представлен святилищем в Перахоре. Первая правящая династия в Мегаре была аргосской, последний мегарский царь был также из Арголиды. Видимо, именно Аргос помог Мегаре отложиться от Коринфа (о военной помощи против Коринфа упоминает Павсаний).
В 8 в. до н.э. Мегарида отделяется от Коринфа, но с потерей западной части своей территории, и образует самостоятельное государство с олигархическим управлением. С тех пор наблюдался расцвет Мегары – город стал организатором греческой колонизации Средиземноморья. Мегарцы в 728 г. до н. э. основали Мегару Гиблейскую на Сицилии, ок. 660 г. до н. э. Халкедон и Византий на Босфоре, Гераклею Понтийскую на южном побережье Черного моря.