Помимо конфликта по поводу евхаристии, самым ярким отражением этой гипотетической борьбы двух лагерей стал конфликт в связи с основанием академии в Москве в конце 1680‐х годов. Выявляя трения вокруг так называемой «Привилегии» – царского устава для академии – и привлекая внимание к якобы имевшей место полемике по вопросу о том, на каком языке будет вестись преподавание, большинство историков постулирует наличие конфликта между двором и патриархатом по поводу интеллектуальной ориентации академии. В целом их аргументация сводится к следующему: в конце 1670‐х годов прогрессивный, прозападный и грекофобский двор во главе с царем Федором стремился основать в Москве высшее учебное заведение без содействия со стороны патриарха Иоакима, традиционалиста и грекофила. С этой целью Симеон Полоцкий, бывший наставник царя и видный проповедник латинизации, пользовавшийся влиянием среди московской придворной элиты304
, составил устав будущего учебного заведения по образцу иезуитских коллегий. Но вследствие смерти Полоцкого в 1680 году и царя Федора в 1682‐м, а также волнений, последовавших за стрелецким бунтом, осуществление этого проекта затормозилось.После того как волнения утихли, латинствующий монах Сильвестр Медведев, справщик Печатного двора и ученик Полоцкого, попытался убедить регентшу, великую княжну Софью Алексеевну, довести этот план до завершения. Столкнувшись с угрозой того, что у них на заднем дворе будет основано учебное заведение с преподаванием на латыни, «грекофилы» перешли в наступление. Евфимий, монах кремлевского Чудова монастыря и коллега Медведева по Печатному двору, обрушился с яростными нападками на латынь и указал на то, что ее изучение может быть делом еретическим. В то же время он воспевал хвалы греческому как языку православия, давшему начало церковнославянскому – языку церковных служб. В свою очередь, обскурантист патриарх Иоаким присвоил себе право пересмотреть устав академии и переписал его таким образом, чтобы потенциальные учителя с Украины и из Белоруссии допускались к преподаванию лишь после того, как докажут свою принадлежность к православию. В ответ на исправления Иоакима Медведев, в свою очередь, добавил в устав положение о том, чтобы кандидаты на преподавательские должности из греков тоже предоставляли доказательства своего православия, и подал устав на утверждение Софье. Тем временем патриарх Иоаким успел заручиться помощью восточных патриархов и позаботился о том, чтобы в Москву прибыли братья-греки Иоанникий и Софроний Лихуды. Таким образом, он сумел обойти латинофильский двор и Медведева и, совершив своего рода переворот, добился того, чтобы созданием академии в Москве в 1685 году занялись Лихуды. Учебная программа академии вполне соответствовала пожеланиям «грекофилов», поскольку была безупречно православной и делала упор на изучение греческого и церковнославянского, а не латыни305
.