Особенностью работ с рыбами является сложность обеспечения стандартных, строго контролируемых условий содержания, требующих применения специальных методов оценки селекционируемого материала. Таким образом, рыбоводство имеет свою систему приемов и методов селекционно-племенной работы, построенную на общих принципах, но учитывающую биологические особенности рыб.
Большие заслуги в разработке теории и практики селекционно-племенного дела в прудовом рыбоводстве принадлежат ученым B.C. Кирпичникову и К.А. Головинской, выдвинувшим ряд основополагающих идей и осуществившим фундаментальные исследования по генетике рыб и селекционно-племенной работе.
Первые работы по генетике и селекции карпа в России относятся к 20–40 годам XX века. Рыбовод-селекционер А.И. Кузема провел многолетние работы по селекции карпа, завершившиеся в 50-х годах XX века созданием двух новых высокопродуктивных пород — чешуйчатого и рамчатого украинских карпов. Исходным материалом послужили карпы из старинного, существовавшего еще в XVI столетии, украинского прудового хозяйства "Антонины". В XIX столетии в это хозяйство из Польши завезли галицийских зеркальных карпов и скрещивали их с местными карпами. Это помесное стадо в качестве исходного и было использовано А.К. Куземой. Как основной, был использован метод массового отбора, но была сделана попытка применения метода оценки производителей по потомству и линейного разведения.
В середине XX века селекционные работы с карпом на Украине расширились. Много внимания было уделено межпородным и внугрипородным скрещиваниям с целью улучшения продуктивных качеств и в особенности, жизнестойкости карпов. Проводились исследования гетерозиса при межпородных скрещиваниях, который по скорости роста и выживаемости оказался особенно значительным при скрещивании украинских карпов с амурским сазаном и с ропшинским карпом.
В 1935 г B.C. Кирпичниковым были начаты работы по селекции карпа с целью увеличения его зимостойкости. Работу проводили в Ленинградской, Псковской и Новгородской областях, где зима очень продолжительна и молодь карпа плохо ее переносит. В качестве исходного материала для селекции выбрали гибридов между галицийским карпом и амурским сазаном, обладающим повышенной холодостойкостью и зимоустойчивостью. В ходе многолетней селекции гибридов применяли массовый отбор большой интенсивности и проверку производителей по потомству. Последнее позволило ликвидировать расщепление в потомстве по признакам чешуйчатого покрова. В настоящее время все ропшинские карпы имею сплошной чешуйчатый покров.
Селекционные работы с карпом были развернуты во многих других районах России. Наиболее существенные результаты получены в Московской области по созданию среднерусского карпа, создана порода парского карпа, работы по этой породе, начатые К.А. Головинской, успешно завершены В.Я. Катасоновым, Ю.П. Бобровой и другими учеными. В Сибири создана порода сарбоянского карпа, на Северном Кавказе — породная группа краснодарского карпа с повышенной устойчивостью к краснухе.
Наряду с традиционными методами селекции в последнее время все большее распространение получают новые генетические методы селекции: маркирование племенных отводок, индуцированный диплоидный гиногенез, индуцированный радиационный и химический мутагенез, гормональная и генетическая регуляция пола, экспериментальная полиплоидия и др.
Общей и во многих случаях важнейшей задачей селекционно-племенной работы в различных зонах прудового рыбоводства является ускорение роста карпа за счет лучшего выедания и усвоения естественного корма и комбикормов. Однако кроме этой основной задачи решаются и другие. При создании породы ропшинского карпа основное внимание было уделено его зимостойкости, селекция краснодарского карпа преследует цель увеличения его устойчивости к краснухе — инфекционному заболеванию, селекция нивчанского карпа призвана увеличить общую жизнестойкость рыб, в том числе устойчивость к зимовке и к заболеваниям, сарбоянский карп должен обладать устойчивостью к суровым климатическим условиям Сибири.
Таким образом, при селекции проводят интенсивный отбор среди рыб, выращенных в условиях, близких к производственным. При выращивании производителей для использования в производстве необходимость в интенсивном отборе не возникает, рыбу выращивают в условиях, обеспечивающих хороший нагул, что достигается уменьшением плотности посадки и кормлением полноценными комбикормами.
Основные принципы организации селекционно-племенной работы разработаны в 50–60 годах прошлого века. С учетом опыта животноводства предложена трехступенчатая схема организации селекционно-племенной работы, предусматривающая три типа рыбоводных хозяйств:
— селекционно-племенные хозяйства высшего типа;
— племрассадники-репродукторы;
— промышленные хозяйства.