Этот внезапный взрыв религиозной ненависти вызвал яростное негодование не только среди жертв и их покровителей, тех "некоторых состоятельных людей", о которых мрачно упоминал Гийом Пюилоранский. Некоторые методы инквизиторов вызывали глубокое возмущение даже у ортодоксального общественного мнения. Особенно непопулярным было осуждение уже умерших еретиков, поскольку это предполагало шествие с их эксгумированными останками по улицам города, наносившее незаслуженный позор их потомкам. Кроме того, инквизиторы часто проявляли излишнюю нетерпимость к старым местным привилегиям, особенно в крупных городах. В 1233 году жители Корда линчевали двух инквизиторов, посланных в город для дознания. Другой инквизитор, Арно Катала, едва избежал той же участи, когда попытался эксгумировать останки еретика в Альби. Но именно в Тулузе инквизиция столкнулась с единственным серьезным вызовом своей власти. Осенью 1235 года инквизитор вызвал двенадцать видных горожан для ответа на обвинения в ереси, и это было воспринято как оскорбление нанесенное всему городу. Консулы ответили штурмом доминиканского монастыря и выгнали монахов из Тулузы. Когда преемник инквизитора попытался повторить вызов на допрос, монастырь снова подвергся нападению, и все его обитатели были выброшены за ворота. В последовавшей затем оргии антиклерикального насилия епископ был изгнан, а его дворец и конюшня разграблены. Несколько клерков епископального дома были тяжело ранены.
Роль Раймунда VII в этих событиях неясна, как, несомненно, он того и хотел. Несколько его ближайших сподвижников были вовлечены в это дело, и он, конечно, не сделал ничего, чтобы их сдержать. Этого было достаточно для инквизитора, который, найдя безопасное убежище в подконтрольном королевской власти Каркассоне, должным образом отлучил графа от Церкви, вместе с консулами. Григорий IX был более сдержан. В 1236 году он вынес графу отеческое порицание, но в то же время его легат во Франции тактично предложил инквизиторам умерить свой пыл. Положение Раймунда было сложным, поскольку он, как и его отец, не мог уничтожить ересь, среди покровителей которой были знатные магнаты его княжества. В то же время он должен был умиротворить Церковь и французскую корону, которые теперь, после Парижского договора, были на Юге могущественны, и находились поблизости. Что касается Григория, то он не видел никакой выгоды в излишнем жесткости по отношению к графу Тулузскому. Папа рассматривал Раймунда, как он однажды объяснил одному из своих легатов, как "молодое растение, которое нужно поливать с заботой и питать молоком Церкви". Кроме того, во всех своих делах с Францией Григорий постоянно оглядывался на Италию, где победы императора Фридриха II над Ломбардской лигой вновь угрожали политическому положению папства и Раймунд, который был имперским вассалом за свои провансальские земли, все еще был достаточно влиятелен, чтобы с ним стоило дружить. Поэтому, когда летом 1237 года граф подал петицию из восемнадцати статей, в которой жаловался, что Церковь подрывает его положение, Папа был склонен отнестись к нему с пониманием. В сентябре Григорий приостановил деятельность инквизиции на три месяца, пока жалобы Раймунда рассматривались специально назначенной следственной комиссией. Расследование оказалось долгим. Три месяца превратились в три года, и в какой-то момент стало казаться, что инквизиция уже доживает свои последние дни.