Раймунд, конечно, надеялся, что ответственность за преследование ереси будет возвращена епископам, чья деятельность, вероятно, будет меньше нарушать мир в его владениях. Но его надежды не оправдались. В этом были виноваты его собственные вспыльчивые союзники. В апреле 1240 года дважды лишенный прав наследник Транкавелей с большим мужеством, но без особого политического мастерства попытался отвоевать свое наследство у оккупационных войск французской короны. В течение нескольких недель большая часть западного Лангедока находилась в его руках, а сам Каркассон был осажден. Но Раймунд VII не пришел ему на помощь, и в октябре 1240 года на Юг прибыла новая королевская армия под командованием Жана де Бомона, чтобы с жестокой эффективностью подавить восстание. Несомненно, отказ Раймунда от вмешательства был мудрым, но подавление восстания значительно усугубило и его проблемы, поскольку восстание было приписано, с некоторой долей справедливости, махинациям
У инквизиторов было мало полномочий, которыми до этого не пользовались епископы. Но их методы были разительным отступлением от существовавших традиций. Старая обвинительная система возлагала обнаружение и арест преступников на истца, обычно пострадавшую сторону, которая затем должна была доказать свою правоту или заплатить неустойку. Инквизитор же был одновременно дознавателем, прокурором и судьей. В первые десять лет он и его коллеги регулярно ездили по провинции, проводя дознания на месте. Лишь позднее, после того как несколько инквизиторов были убиты во время своих поездок, они стали вести свои дела из скромного офиса в Тулузе, недалеко от замка Нарбоне, где постоянно работал небольшой штат юристов и делопроизводителей. В этот переполненный штаб, свидетели и подозреваемые вызывались со всех уголков Тулузской епархии. Процедура дознания развивалась по ходу деятельности инквизиции, но она мало изменилась после окончательных решений четырех Соборов в Нарбоне (1243), Безье (1246), Валансе (1248) и Альби (1254). Ее целью всегда было добиться признания в ереси, более полезное, чем осуждение на основании улик, поскольку оно могло указать на других еретиков, которых не смогли обнаружить тщательные поиски инквизиторов. Поэтому процедура инквизиции начиналась с проповеди, на которую созывалось местное население. Объявлялся период благодати, в течение которого любой еретик мог сделать полное признание и обличить своих собратьев с обещанием мягкого отношения к себе. Лишь в очень редких случаях это не приводило к желаемому результату. Во время одной из первых поездок по Тулузену в 1235 году инквизиторы столкнулись с заговорами молчания в Кастельнодари и Сен-Феликсе и даже десять лет спустя все жители деревни Камбьяк заранее договорились о том, чтобы запутать инквизиторов, используя вымышленные имена. Но эти договоры почти никогда не были успешными. Достаточно было одному католику донести на своего соседа, чтобы заговор распался в результате взаимных доносов испуганных подозреваемых.