Католические власти в ответ начали с создания примитивной полицейской системы. В 1227 году Собор в Нарбоне приказал епископам назначить в каждом приходе дознавателей (enquirers), которые должны были сообщать о тайных делах своих соседей. Против дисциплинированных и находчивых общин еретиков подобные меры предсказуемо оказались безуспешными. Парижский договор ознаменовал резкое изменение политики, но не произвел особого впечатления на катаров. Раймунду VII предписывалось проводить "тщательные расследования" с целью ареста и наказания еретиков, и Романо Франджипани посетил Тулузу в ноябре 1229 года, чтобы проследить за исполнением этого требования. В результате появился громоздкий сборник правил, регулирующих преследование ереси. Собор епископов решил, что будут составлены списки всего взрослого населения каждого прихода, чтобы требовать клятв в ортодоксальности и отслеживать передвижения лиц скрывающихся от правосудия. Но этот амбициозный план, вероятно, был не под силу административным ресурсам Церкви и в любом случае ничего не добавлял к тому набору полномочий, которыми епископы уже обладали. Проблема заключалась в том, что епископы были не лучшими проводниками систематической кампании репрессий. У них были другие заботы, и они были бессильны за пределами своих епархий. Они были подвержены спорадическим вспышкам рвения, за которыми следовали длительные периоды бездеятельности, и им не хватало продуманной системы шпионажа, с помощью которой инквизиция должна была предотвращать рецидивы "раскаявшихся" еретиков. Раймон дю Фальга, сменивший Фолькета на посту епископа Тулузы в 1231 году, начал свое правление с драматической вылазки в Тулузу, где захватил девятнадцать еретиков, собравшихся ночью в лесу на богослужение. Все они были сожжены. Но на этом его решительные действия по искоренению ереси, похоже, завершились. Хотя Раймон дю Фальга был доминиканцем, он также принадлежал к тулузскому истеблишменту, был другом Раймунда VII и стремился им оставаться. Современник, обвинявший епископа в том, что он меняет курс при каждой перемене ветра, хорошо его знал.
К 1233 году несостоятельность правил борьбы с ересью, разработанных при участии Романо Франджипани, стала очевидной. Те чиновники, которые пытались их выполнять, часто встречали яростное сопротивление, а один из них был убит недалеко от Кастельнодари через несколько дней после отъезда легата. Профессор-доминиканец из университета Тулузы, утверждавший с кафедры, что еретики имеют возможность спокойно жить под носом у духовенства, был немедленно изгнан консулами. Тем не менее, существовало много доказательств в пользу его мнения. Проповедники катаров выступали перед большими собраниями в нескольких милях от городских ворот, а один из их самых влиятельных защитников, Бернард Отон де Ниор, все еще оставался на свободе через четыре года после того, как против него выдвинули грозный перечень преступлений против веры. Это дело стало унижением для Церкви Юга. Григорий IX лично вмешался в марте 1233 года и приказал арестовать Бернарда Отона и двух его братьев; и Раймунд, опасаясь, что за этим последует еще худшее, сразу же подчинился. Он созвал новый Собор прелатов и баронов, на котором был принят ряд суровых эдиктов против еретиков. Но граф опоздал, чтобы помешать Папе принять более радикальные меры. В тот же день в Риме Григорий приказал провести "всеобщую инквизицию" по всей южной Франции и поручил эту задачу не епископам, а доминиканцам, которые должны были действовать как агенты Святого престола. За исключением короткого промежутка времени в середине века, инквизиция оставалась в их руках до тех пор, пока ее дело не было доведено до победного конца.
Первыми инквизиторами, назначенными в 1234 году, были Пьер Сейла, бывший спутник Святого Доминика, и Гийом Арно, церковный юрист из Монпелье. Эти отцы-основатели папской инквизиции остались темными фигурами, чьи личности неясно вырисовываются из массы скудных юридических документов, которые сегодня являются главным памятником их деятельности. Но их энергия не подлежит сомнению. За первые пять лет миссии их передвижения можно проследить почти в каждой части обширного района Лангедока, находящегося под их надзором. Во время своего первого визита в Муассак они сожгли 210 еретиков. В Тулузе в первые несколько месяцев после решения Григория на костре была сожжена череда видных еретиков, и нескольких драматических актов жестокости оказалось достаточно, чтобы катары впервые после смерти Симона де Монфора перешли к обороне. В праздник святого Доминика в 1235 году епископ лично повел толпу католиков из доминиканского монастыря к особняку престарелой дамы-катарки, которую вытащили из постели, чтобы сжечь на равнине за городскими стенами.