Тут возникли некоторые затруднения. Получив направление госкомиссии в аспирантуру, Формозов не смог добиться нужной аттестации от факультетской «общественности». «Треугольник» (партком, местком и дирекция) выдал ему (как и Седову) отрицательную характеристику. Под ней стояла и подпись Рыбакова. Путь в аспирантуру университета был закрыт. Но тогда Рыбаков не был еще директором ИИМКа (будущего Института археологии), директором был никакого отношения к археологии не имевший А.Д. Удальцов. Его вялое сопротивление удалось быстро сломить благодаря заступничеству Арциховского и Киселева, а тот был замом директора. Резоном было не только знакомство (элементарный блат), но и необходимость в палеолитчике на смену умершему только что Воеводскому.
Научным руководителем аспиранта Формозова должен был стать А.Я. Брюсов, лидер московской первобытной археологии. Формозов со студенческих лет относился к научным достоинствам Брюсова скептически и решительно воспротивился. Ему претило выделение в каждом закоулке новой культуры, вмешательство в споры о культурах Украины без их изучения, фантастические идеи Брюсова. Он добился, чтобы руководителем стал Г.Ф. Дебец, даже не являвшийся сотрудником института. Вдобавок аспирант стал употреблять бранную кличку «брюсовщина» и популяризировать воспоминания поэта Валерия Брюсова, в которых тот нелестно отзывался о своем младшем брате. Этот последний стал злейшим врагом аспиранта, врагом влиятельным и заядлым.
Формозов надеялся на помощь со стороны лидирующего коллектива палеолитчиков Ленинграда во главе с П.П. Ефименко, но те не спешили помогать возрождению в Москве конкурентного палеолитического сектора, зато отношения с Киселевым эти попытки подпортили: тот был энтузиастом подавления ленинградских притязаний на лидерство и говорил Пассек, что в лице Саши растёт «пятая колонна» ленинградцев. Из ленинградцев же на помощь Формозову пришёл только Замятнин, стоявший в коллективе палеолитчиков особняком.
Между тем, у Формозова подошёл срок защиты кандидатской диссертации «Локальные варианты культуры эпохи мезолита в европейской части СССР». Наметилось расхождение с установкой московской школы археологов-каменщиков (Фосс и Брюсов) на выделение узколокальных культур. Формозов склонялся к установкам ленинградцев Замятнина, Ефименко и др., для которых существовали обширные области в каменном веке, охваченные сходствами основных параметров. Он внёс и нечто новое – идею об огромной устойчивости таких зон. Скажем, особая концентрация искусства во Франции сохраняется от первобытности до современности. При обсуждении стало ясно, что с диссертантом не согласны в том или ином вопросе семеро авторитетных коллег: Ефименко, Борисковский и Замятнин – кое в чём, Фосс и Бадер – во многом, Бибиков и Брюсов – в целом. Всё же защита прошла успешно в 1954 году. Новоиспеченному кандидату наук было 25 лет.
3. Крымская война. В 1952 г. Формозов был направлен в Крым как начальник Бахчисарайского отряда Костёнковской экспедиции П. И. Борисковского. То есть начальник был из Ленинграда, а центр экспедиции под Воронежем! Из раннесоветских исследователей каменного века в Крыму все – Г.А. Бонч-Осмоловский, Н.Л. Эрнст, Т.В. Гелах, О.Н. Бадер, Д.А. Крайнов и др. – подверглись репрессиям и отправились в лагеря или ссылку. Единственным, кто уцелел, был С.Н. Бибиков, кстати, уроженец Крыма, работавший в Ленинграде. Бибиков участвовал в раскопках Бонч-Осмоловского, а после его ареста копал несколько сезонов без него (последний раз в 1938 г.) и пришёл к выводу, что всё в Крыму изучено, и копать больше незачем. Этим мнением он и поделился с Формозовым. Против выбора Формозова не возражал. Сам он, оставив Крым, больше всего занимался Трипольем на Днестре.
В 1953 г. Формозову повезло – он обнаружил в пещере под Старосельем погребение мальчика-неандертальца (Формозов 2004а: 90 – 98). Перед тем в Крыму погребение неандертальца было обнаружено в 1924 году Бонч-Осмоловским, но сильно разрушенное. А тут почти целый скелет! Формозов оценил важность находки и свою ответственность. Поэтому могилу присыпал и, несмотря на присутствие в экспедиции двух начинающих антропологов – супругов В.П. и Т.И. Алексеевых, вызвал из Москвы комиссию из виднейших авторитетов: археолога С.Н. Замятнина и антропологов М.М. Герасимова и Я.Я. Рогинского. Дальнейшие раскопки шли в присутствии и с участием комиссии. Это было предусмотрительно: в дальнейшем появились подозрения, что это не неандерталец, а татарчонок XVIII века – поблизости есть татарское кладбище, а детские кости труднее отнести к какой-то стадии эволюции. Но комиссия подтвердила, что погребение находилось в ненарушенном культурном слое, и увезла монолит со скелетом в Москву.