На регулярно проводимых совещаниях под руководством Милютина тщательно обсуждались различные вопросы намечавшихся преобразований. «Он один в России, — говорит о нем Б. Н. Чичерин, — мог совершить то великое дало, которое тогда предстояло: преобразовать русскую армию из крепостной в свободную, приноровить ее к отношениям и потребностям обновленного общества; при радикально изменившихся условиях жизни, не лишая ее, однако, тех высоких качеств, которые отметили ее при прежнем устройстве»11
. Для разработки наиболее важных проблем создавались особые комиссии. В результате общая программа военных преобразований была готова менее чем в два месяца и 15 января 1862 г. представлена Александру II в виде всеподданнейшего доклада, состоявшего из 10 разделов по основным направлениям военного дела. Этот доклад, утвержденный императором в конце января, стал программой практических действий Милютина. Он охватывал буквально все области военного управления и организации армии, ее комплектование, вооружение, обучение и воспитание и др.Главным принципом новой организации вооруженных сил Милютин считал: «развивать в наибольшей соразмерности боевые силы в военное время при наименьшем числе наличных войск в мирное время»12
.Именно такая потребность возникла в ходе Крымской войны. Для решения поставленной задачи в империи был создан так называемый запас людей, знакомых с военным делом, которых в любое время можно было призвать в армию.
За счет сокращения сроков военной службы численность армии была уменьшена с 1132 тыс. человек в 1864 г.13
до 742 тыс. в 1867 г. Части были переведены на сокращенные штаты мирного времени, значительно возрос обученный запас.Одной из первых реформ явилась реорганизация центрального военного управления и создание местных органов управления в виде военных округов.
Военное министерство к началу реорганизации, по словам Милютина, представляло собой «орган неудобств, проволочек и пререканий»14
. Оно включало в себя ряд департаментов. Так, Генеральный штаб занимался вопросами размещения войск, разработкой дислокационных карт. Инспекторский департамент ведал личным составом и внутренним устройством войск, исключая артиллерийские и инженерные части, не подчинявшиеся военному министру. Провиантский департамент осуществлял снабжение армии; комиссариатский ведал денежным и вещевым снабжением войск, организацией госпиталей и их обеспечением.Медицинским и ветеринарным обслуживанием занимался медицинский департамент. Военно-судебные дела находились в компетенции аудиториатского департамента.
Артиллерийский и инженерный департаменты ведали лишь хозяйственными вопросами. Общее же руководство артиллерийскими и инженерными войсками осуществляли соответственно генерал-фельдцейхмейстер и генерал-инспектор инженерных войск. Эти должности традиционно предназначались великим князьям, которые не подчинялись военному министру и имели право непосредственного доклада царю.
Подготовка военных кадров была в руках главного начальника военно-учебных заведений, также независимо от военного министра.
Д. А. Милютин стремился к тому, «чтобы привести все здание в стройный вид и упростить весь сложный механизм его, а для этого признано было полезным слить вместе части, однородные по кругу действий, и уничтожить лишние наросты, которые в течение времени образовались более или менее случайно, без всякого плана»15
.В 1863 г. состоялась реорганизация департамента Генерального штаба, который стал называться Главным управлением Генерального штаба. Однако это преобразование оказалось недостаточным, и приказом по военному ведомству 31 декабря 1865 г. Главное управление Генерального штаба и инспекторский департамент были объединены в одно управление — Главный штаб, который находился в составе министерства до 1905 г. В его компетенцию входили вопросы управления войсками в мирное и военное время, состава армии, комплектования, мобилизации, дислокации, устройства, образования, военной разведки, военно-научной работы и другие. Начальник Главного штаба назначался императором, был первым помощником и заместителем военного министра и возглавлял Генштаб. Ему подчинялись Академия Генштаба и Фельдъегерский корпус16
.1 января 1869 г. Александр II утвердил новое «Положение о Военном министерстве»17
, в котором верховное начальство над всеми сухопутными силами империи сосредоточивалось в особе государя-императора.