Военное министерство по новой структуре состояло из Императорской Главной квартиры и Военно-походной канцелярии его величества, Военного совета, Главного военного суда, Канцелярии Военного министерства, Главного штаба, 7 главных управлений (вместо отдельных департаментов) — интендантского, артиллерийского, инженерного, военно-медицинского, военно-учебных заведений, иррегулярных войск, военно-судного. В состав министерства вошли также Военно-ученый комитет, управления генерал-инспектора кавалерии, инспектора стрелковых батальонов и комитета о раненых. При Военном совете было образовано 5 главных комитетов: военно-кодификационный, по устройству и образованию войск, военно-учебный, военно-госпитальный и военно-тюремный. К Военному министерству был причислен также главный священник армии и флота.
Реформы, начатые в 60-х гг., коснулись и Генерального штаба. Основная цель преобразования его состояла в том, чтобы Генеральный штаб охватил все отрасли штабной службы. В 1864 г. был упразднен гвардейский Генеральный штаб.
Ранее служба офицеров, причисленных к Генеральному штабу, не давала им преимуществ. Самое большее, на что могли рассчитывать генштабисты, — это должность обер-квартирмейстера корпуса. В большинстве же случаев они назначались дивизионными квартирмейстерами (обер-офицерская должность, на которую допускались сначала подполковники, а затем полковники). Офицеры Генерального штаба были оторваны от войск и не могли претендовать на высшие должности в армии. Переход их в строевые части, где оклады были выше, представлял определенные трудности.
Ввиду этого желающих служить в Генеральном штабе становилось все меньше. Необходимо было изменить ситуацию.
В 1865 г. вышло «Положение для Генерального штаба», дававшее право причисленным к нему офицерам занимать должности, не только относящиеся по штату к Генеральному штабу.
По Положению устанавливалось правило: прежде чем получить назначение командиром полка, необходимо не менее года командовать отдельными частями. Это, с одной стороны, приближало к войскам, а с другой, — давало более широкую возможность продвижения по службе.
В свою очередь предъявлялись повышенные требования к подготовке офицеров Генерального штаба.
Д. А. Милютин добился уравнения в чинах между гвардейскими и армейскими офицерами, причисленными к Генеральному штабу.
После некоторого колебания Александр II утвердил представление военного министра о том, чтобы все офицеры Генерального штаба, при каких бы войсках они ни состояли, имели одну общую линию производства, одинаковую градацию чинов и носили одинаковый мундир.
Такие меры подняли значение офицера Генерального штаба, увеличилось количество желающих служить в нем, а армия, в свою очередь, получила высокообразованных офицеров в области военного дела.
Одновременно с преобразованием в центральном военном управлении проходила и реорганизация местного военного управления.
В период 1862—1867 гг. была осуществлена военно-окружная реформа. Целью ее было устранить главный недостаток существовавшей в то время системы военного управления — чрезмерной централизации, сковывающей инициативу и самостоятельность руководства на местах в решении даже мелких вопросов. Приказом военного министра Д. А. Милютина от 6 июля 1862 г. в виде опыта в августе того же года были созданы Варшавский, Виленский, Киевский, в декабре 1862 г. Одесский и в 1864 г. Рижский военные округа18
.Практические результаты создания этих первых четырех военных округов полностью подтвердили целесообразность применения в России территориальной системы военного управления. 6 августа 1864 г. Александр II утвердил «Положение о военно-окружных управлениях», наиболее активную роль в составлении которого играли граф Гейден, тайный советник Устрялов, полковники Обручев, Якимович и Аничков. «Этим пяти лицам, — писал Милютин в своих «Воспоминаниях», — считаю я себя наиболее обязанным удачным осуществлением давнишней моей мысли о военных округах»19
.В августе 1864 г. были образованы Казанский, Московский, Петербургский, Харьковский и Финляндский, в 1865 г. — Восточно-Сибирский, Западно-Сибирский, Кавказский и Оренбургский, в 1867 г. — Туркестанский военные округа. Таким образом вся территория империи была разделена на 15 военных округов (кроме Области войска Донского, которая находилась на особом положении). Во главе округа стоял командующий войсками (он же генерал-губернатор).
Каждый военный округ являлся одновременно органом строевого управления и органом военно-административного устройства, сосредоточивая в своих руках все функции военного управления.
Учреждение военных округов устранило многие неудобства, тянувшиеся долгие годы. При существовавших ранее порядках по каждому отделу военного хозяйства — инженерному, артиллерийскому, комиссариатскому, провиантскому и т. д. — имелись специальные округа, обладавшие на местах незначительной властью и утверждавшие всякие мелочи в столице.