Полномочия командующего округом позволили устранить существовавшую раньше волокиту, несогласованность и споры между строевыми начальниками и хозяйственными инстанциями.
Вместе с задачами децентрализации военного управления и создания условий для оперативного развертывания частей во время войны на командующих округов возлагалось содействие гражданским властям «для сохранения порядка в крае».
В случае войны штаб округа автоматически становился штабом действующей армии.
Между тем эти преобразования встретили яростное сопротивление со стороны ряда военных деятелей. В частности, А. И. Барятинский20
, великий князь Николай Николаевич (старший), А. Н. Лидере, М. Н. и Н. Н. Муравьевы выступали против введения военно-окружной системы. Они считали, что такая система приведет к подчинению «общих стратегических соображений» интересам военных округов, а в случае оборонительной войны — к кордонной стратегии.Тем не менее в результате проведенных преобразований в 1862—1869 гг. система управления значительно приблизилась к войскам. В ведении Военного министерства остались лишь те вопросы управления, которые имели значение для всей армии. Аппарат Военного министерства сократился почти на тысячу человек, а канцелярская переписка уменьшилась на 45%21
.Сроки мобилизации армии были сокращены с 6 месяцев в 1859 г. до 9—26 дней в 1877 г. Вопросы, связанные с обороной страны, в целом решались временно создаваемыми комитетами, которые согласовывали их между Военным и Морским министерствами. В 1868 г. было утверждено новое «Положение о полевом управлении войск в военное время», позволившее устранить многие недостатки прежней организации. Оно уточняло функции главнокомандующего, освобождало его от руководства второстепенными административными вопросами и более четко определяло обязанности начальников отдельных управлений. Вместе с тем недостаточно разработан был вопрос об устройстве тыла армии, что проявилось вскоре в ходе русско-турецкой войны 1877—1878 гг.
В начале 1873 г. Александр II учредил под своим личным руководством Особое совещание о стратегическом положении России и об организации армии22
.Для подготовки военно-судебной реформы в конце 1862 г. была создана комиссия из представителей военного и морского ведомств под председательством генерал-адъютанта Н. А. Крыжановского23
.Разработанный этой комиссией проект основных положений военно-уголовного судопроизводства в конце 1863 г. был рассмотрен в особом совещании под председательством генерал-адмирала великого князя Константина Николаевича и в ноябре 1865 г. утвержден царем.
В течение полутора лет до мая 1867 г. разрабатывался и обсуждался военно-судебный устав. 15 мая 1867 г. устав был утвержден Александром II и получил силу закона24
. В том же году введено «Положение о военно-исправительных ротах».Главный смысл военно-судебной реформы заключался в создании постоянных военно-судебных органов в соответствии с новой структурой армии и введении современных правил военного судоустройства и судопроизводства.
Ее основы строились на началах судебной реформы 1864 г. и Военно-судебного устава 1867 г., на принципах гласности и состязательности военного суда, на отказе от порочной системы телесных наказаний. Устанавливались три судебные инстанции: полковой, военно-окружной и Главный военный суды. Полковые суды назначались командирами частей и состояли из председателя и двух членов. В их ведении находились дела рядовых и унтер-офицеров. Предварительное следствие в этих судах не проводилось, а защитник не полагался. Приговор утверждался командиром полка. Военно-окружные суды рассматривали дела офицеров и особо важные дела рядовых и унтер-офицеров. В их состав входили председатель, постоянные и временные члены. Председатель и постоянные члены суда назначались военным министром, а временные — командующим войсками военного округа сроком на 4 месяца. Аналогичным был состав и Главного военного суда (открыт в 1868 г.) с той лишь разницей, что временные члены этого суда назначались лично императором из генералов столичного гарнизона. На флоте, соответственно, вводились экипажные, военно-морские суды (при главных портах) и Главный военно-морской суд. Определялся также порядок действия военно-полевых судов в условиях военного времени.
Согласно военно-судебной реформе суды признавались независимыми от административных органов, учреждались должности следователя и военного прокурора, формально отменялись сословные привилегии подсудимых, устанавливался порядок обжалования приговоров. Составной частью военно-судебной реформы стал воинский устав о наказаниях, утвержденный 5 мая 1868 г. По этому уставу вводились два вида наказаний — уголовные и исправительные25
.Военно-полевому суду могли быть преданы не только военнослужащие, но и гражданские лица, если они находились на территории, объявленной на военном положении. Это могло быть использовано и против революционного движения.