Затем взял слово Лужков и в трагедийном тоне, красиво и пафосно высказался, что дальнейшие переговоры невозможны. Митрополит Кирилл весьма убедительно возражал мэру Москвы, что он и Филатов заблуждаются и пути к дальнейшим переговорам открыты. Нужно лишь продолжение работы экспертной комиссии, которая проведёт инвентаризацию арсеналов обеих сторон и разработает поэтапный график разоружения. Его спокойный и уверенный голос убедил собравшихся, и был составлен документ о завтрашней работе экспертной комиссии. После чего все разошлись, договорившись встретиться завтра здесь же в 16.00, чтобы выслушать экспертную комиссию.
На другой день, 3 октября, Святейший совершил воскресную литургию в Богоявленском Елоховском соборе. У мощей того, чьё имя носил, — митрополита Алексия, вдохновителя освобождения Руси от ордынского ига.
Сюда, по просьбе Святейшего, из Третьяковской галереи была принесена Владимирская икона Божией Матери. Молитвами пред нею Русь избавлялась от нашествий Ахмата и Тамерлана. Сейчас Предстоятель Русской Церкви молился пред нею о спасении Руси от братоубийственной бойни.
Как было замечено в одной из статей того времени, «Патриарх от политики перешёл к агиополитике», то есть пытался вмешаться в развитие событий уже не с помощью взывания к разуму людей, а с помощью взывания к высшим небесным силам.
Когда Владимирскую икону Богоматери вынесли из собора на площадь, сотни людей пали пред ней на колени, молясь о предотвращении братоубийства. Видя это, Предстоятель отчётливо понимал, где настоящий русский народ, а где — откровенная банда политиканов, в борьбе за свою власть готовых на любые народные жертвы.
К 16.00 Святейший в сопровождении митрополитов Ювеналия и Кирилла вновь прибыл в Свято-Данилов монастырь, в надежде, что чудо произойдёт, мольбы будут услышаны.
Но за 15 минут до этого с балкона Белого дома Александр Руцкой отдал приказ идти на штурм здания мэрии на Новом Арбате и телецентра Останкино. И это стало началом бойни. Бывшее здание Совета экономической взаимопомощи, в котором теперь размещались многочисленные службы московского правительства, было взято мгновенно, а согласно данным многих экспертов, даже ещё до того, как Руцкой отдал приказ. К этому времени вокруг Белого дома было снято оцепление. Противники Ельцина праздновали победу, полагая, что в ближайшие часы Москва падёт к их ногам, не догадываясь, что это коварная ловушка.
В Свято-Даниловом монастыре иерархов Церкви ждали Воронин, Домнина, Олейник, а через некоторое время появился и мэр Москвы Лужков. Вновь начались бесплодные дебаты. Вскоре Святейшему стало очень плохо, и митрополит Ювеналий попросил собравшихся дать Патриарху возможность покинуть зал переговоров. После этого поступило сообщение о событиях в Останкине, и решено было временно переговоры прекратить и собраться в 20.00. Но события в Москве развивались столь стремительно, что к означенному часу в Свято-Данилов монастырь не явился никто из тех, кто участвовал в переговорном процессе. Бойня началась. В 19.12 в Останкине огнём с бэтээров была расстреляна толпа сторонников Белого дома, пытавшаяся проникнуть внутрь телецентра. Погибло сорок шесть человек. В 23.00 генерал Альберт Макашов отдал приказ защитникам Верховного Совета отходить от Останкина и возвращаться в Белый дом. В ночь на 4 октября в здании Генштаба президент Ельцин отдал устный приказ о штурме Дома Советов. Примечательно, что на просьбу министра обороны Павла Грачёва подтвердить приказ письменно Ельцин не отреагировал. Вернувшись в Кремль, он поспал, немного протрезвел и издал письменный приказ о привлечении войск Министерства обороны, подготовленный помощником президента Виктором Илюшиным. По указанию Грачёва в штурме Белого дома принимали участие около двух тысяч военнослужащих, десять танков и двадцать бронетранспортёров. Первые выстрелы прозвучали в 6.50, и дальше пальба стала нарастать. В 9.20 шесть танков начали обстреливать здание фугасными снарядами. Впоследствии говорилось, что это были болванки, но от болванок здание бы не загорелось, а Белый дом стал полыхать, как костёр из сухих дров.
В эти страшные часы, а именно в 11.00 Предстоятель Русской Церкви выступил с мольбой к русскому народу: