Фигура Алексия II по размаху деятельности вполне сопоставима с фигурой митрополита Филарета (Дроздова), великого подвижника Церкви в XIX столетии. Под попечительством митрополита Филарета в XIX веке возводился в центре Москвы храм Христа Спасителя, самый крупный собор столицы и одновременно величественный памятник победе русского народа над Наполеоном. 5 декабря 1931 года шедевр архитектора Тона подвергся полному разрушению. Ему суждено было воскреснуть под эгидой Святейшего Патриарха Алексия II.
Специально для проектирования здания создали так называемую мастерскую № 12. В неё вошли .несколько сотен архитекторов, инженеров, конструкторов, реставраторов и искусствоведов, а возглавил их тридцатисемилетний архитектор и реставратор Алексей Михайлович Денисов — по имени и отчеству полный тёзка Святейшего. Он выступал за воссоздание храма в полном соответствии творению Тона.
7 сентября 1994 года состоялось заседание Общественного наблюдательного совета, которое молитвой открыл его председатель — сам Патриарх. Он напомнил о злодеянии большевиков, совершенном в 1931 году, выразил сожаление о том, что на месте храма до сих пор зияет уродливое сооружение — бассейн «Москва», который уже три года не функционирует из-за повреждения его систем. Святейшему всё ещё приходилось доказывать необходимость восстановления московской святыни, спорить с противниками этой идеи. Итогом его деятельности стало то, что осенью 1994 года работы по возрождению храма Христа Спасителя наконец-то сдвинулись с мёртвой точки, вскоре исчезнет бассейн, на месте которого начнётся закладка фундамента...
Удивительно то, что именно тогда же, осенью 1994 года, произошло обретение мощей митрополитов Московских Филарета (Дроздова) и Иннокентия (Вениаминова), а также архимандрита Антония (Медведева). Святейший дал благословение на раскопки своему научному эксперту по вопросам истории и археологии Сергею Алексеевичу Беляеву, который довольно быстро установил возможное место захоронения в Троице-Сергиевой лавре, там, где некогда располагался храм Сошествия Святого Духа, разрушенный накануне Великой Отечественной войны.
В кондаке святителю Филарету сказано: «Яко пастырь праведный и исповедник непорочный, по святем преставлении от безбожных поругание и поношения приял еси». Останки трёх светочей Русской Церкви были обнаружены под асфальтом при раскопках 13 октября, и находились они в куче строительного мусора!.. Святотатство совершилось в конце тридцатых годов.
В тот же вечер 13 октября, узнав о том, что мощи найдены, Святейший приехал в лавру, осмотрел раскопанные гробницы и яму, из которой были извлечены останки, выслушал подробный рассказ о проделанной работе, пропел «Вечную память» митрополиту Филарету и архимандриту Антонию и «Величание» святителю Иннокентию, который ещё при Патриархе Пимене в 1977 году был прославлен в лике святых.
4 ноября, в праздник Казанской иконы Божией Матери, после Божественной литургии в Казанском соборе на Красной площади состоялась торжественная закладка часовни в честь Иверской иконы Божией Матери при воссоздаваемых Воскресенских воротах. Патриарх Алексий II освятил возрождение ещё одной московской святыни.
24 ноября он вместе с членами Священного Синода посетил строительную площадку воссоздаваемого храма Христа Спасителя. Увидел, что работы развернулись как надо, остался доволен.
С 29 ноября по 2 декабря 1994 года в Свято-Даниловом монастыре состоялся очередной Архиерейский Собор Русской Православной Церкви. На нём Святейший отметил, что общее количество епархий за последние годы выросло почти вдвое и достигло 114, и окормляются они 136 архиереями.
— За четыре с половиной года своего патриаршего служения я в полной мере осознал, насколько тяжёл первосвятительский крест, — говорил Святейший в своём докладе. — Это крест ответственности за Церковь в наше непростое время, когда начальствовать — в чём бы то ни было — не привилегия, не честь, а тяжкий подвиг... За годы моего патриаршего служения мне пришлось заложить или освятить многие храмы в разных регионах и в первую очередь в Москве... За последние годы привычными стали прежде редкие службы в кремлёвских соборах. Мы совершали Божественные литургии в Успенском, Благовещенском, Архангельском соборах и в храме Ризоположения. Желающих помолиться у святынь Кремля столь много, что мы вынуждены ограничивать количество молящихся.
Он говорил и о явном возрождении монастырской жизни:
— Только за последние два с половиной года было открыто 138 обителей, среди которых знаменитый Новоиерусалимский Воскресенский монастырь, Свято-Троицкий Ипатьевский монастырь в Костроме, Старо-Голутвин монастырь в Коломне, Святогорский монастырь под Псковом. На каждом заседании Священного Синода благословлялось открытие монастырей на всём огромном пространстве благовестил нашей Церкви — от Карелии до Дальнего Востока.
Значительно увеличилось и количество приходов в России, от 6800 — в 1988 году до 15 985 — в 1994-м. Общее число священников достигло почти тринадцати тысяч человек.