Впрочем, опасения по поводу возможной глобальной войны с мусульманами не были напрасными. После 11 сентября 2001 года, воспользовавшись нападением на Нью-Йорк, США начали эскалацию военных действий в Азии, объявили врагами всего человечества лидера организации «Аль-Каида» Усаму Бен Ладена и иракского диктатора Саддама Хусейна. В течение осени 2001 года американцам удалось довольно быстро захватить большую территорию Афганистана, свергнув правивших там талибов и весьма жестоко расправляясь с мирным населением. Теперь главной целью нового вторжения сделался Ирак. 24 января 2002 года гостем Святейшего Патриарха Алексия II в Синодальной резиденции Свято-Данилова монастыря стал вице-премьер Ирака, один из ближайших помощников Саддама Хусейна христианин Михаил Юханна, более известный всему миру под псевдонимом Тарик Азиз. И Предстоятель выразил поддержку всему иракскому народу, испытывающему огромные трудности в связи с международной экономической блокадой. Тем самым он подчеркнул, что не приемлет политики, проводимой Америкой и её слугами по наведению нового мирового порядка, якобы направленной против терроризма, а на самом деле преследующей иные цели. Плоды этой политики уже в скором времени зримо проявятся. Достаточно сказать, что после захвата американцами Афганистана поток наркотиков оттуда увеличится в сотни раз!
20 января Святейший встречал в аэропорту Шереметьево Сербского Патриарха Павла. Первое, что тот произнёс при встрече:
— Я приехал к своим!
22 января Русский и Сербский Патриархи совершили вместе литургию в Успенском соборе Кремля, а затем в Патриарших покоях Грановитой палаты они вручили премию Фонда единства православных народов президенту России Путину. Владимир Владимирович был очень растроган, но остаться на торжественный обед с двумя Патриархами постеснялся. Вечером того же дня Сербский Патриарх Павел и Черногорский митрополит Амфилохий получили награды Фонда Андрея Первозванного. На следующий день Алексий II провожал дорогих друзей до трапа самолёта.
Тем временем Ватикан во главе с папой Иоанном Павлом II продолжал свою экспансию в Россию. 11 февраля существовавшие до сего дня Апостолические администратуры были преобразованы в епархии, получившие наименования: Римско-Католическая архиепархия Божией Матери в Москве, Римско-Католическая епархия Преображенская в Новосибирске, Римско-Католическая епархия святого Климента в Саратове и Римско-Католическая епархия святого Иосифа в Иркутске. Вместе они составили церковную провинцию, которую возглавил в качестве митрополита архиепископ Тадеуш Кондрусевич. Таким образом, была, по существу, создана Католическая Церковь России, чего ещё никогда, ни при каких исторических обстоятельствах не бывало! При том, что в Российской империи католиков было значительно больше, чем в современной Российской Федерации. Московский Патриархат в католических странах никогда не создавал собственных структур для пастырской работы с местным населением. Зарубежные приходы и епархии Московского Патриархата существуют лишь для окормления русскоязычной православной паствы. 12 февраля Святейший Патриарх Алексий II выступил с решительным протестом.
В таких тревогах и заботах Предстоятель встречал свой день рождения. Накануне семидесятитрехлетия он побывал в редакции газеты «Известия», отвечал на вопросы журналистов и, конечно же, заговорил о последних действиях Ватикана, сожалея, что, вместо того чтобы сообща бороться против разрастающегося роя сект и ересей, католики провоцируют православных на конфликт. Кстати, напомнил, что, когда в Москву приезжала Мадлен Олбрайт, она напросилась на встречу с ним и первое, о чём заговорила, о сектах. Попросила: «Не мешайте деятельности сект!» Он, конечно, тогда отказался выполнить её просьбы. Это было бы нелепо — всё равно что если у человека на кухне по ночам хозяйничают мыши, а к нему приходят в гости соседи и умоляют: «Не мешай деятельности милых грызунов!»
Известинцы спросили, что заряжает его энергией, Святейший ответил:
— Когда возвращаюсь из поездок по епархиям, то, как правило, заряжаюсь оптимизмом. В регионах, в глубинке больше доброты, душевности, сердечности. Люди там меньше политизированы. В каждом месте обязательно возникают очень добрые чувства от общения с людьми. И крепнет надежда на будущее нашего народа, потому что живы и деятельны подвижники, которыми всегда была сильна страна.
25 февраля, в день тезоименитства, он служил литургию у мощей своего небесного покровителя митрополита Алексия в Елоховском Богоявленском соборе. Затем к нему в Чистый переулок с огромным букетом из белых роз, орхидей и лилий приехали Владимир и Людмила Путины. Тогда ещё они часто бывали вместе.
14 марта 2002 года в Патриаршем зале трапезных палат храма Христа Спасителя состоялось заключительное заседание Общественного наблюдательного совета по воссозданию храма. Завершилось одно из главных дел жизни Святейшего. И он торжественно объявил о том, что задача воссоздания главного собора России выполнена.