А в конце лета произошли чехословацкие события. На территорию ЧССР вступили войска Советского Союза, Венгрии, Болгарии, Польши и ГДР. Но весь мир мгновенно ополчился именно против нас. И сразу были забыты зверства американцев во Вьетнаме. Русский медведь, почти избежавший кровопролитий в Праге, оказался для мира страшнее американского монстра, который в то же время заваливал трупами деревеньку Сонгми и другие вьетнамские мирные поселения. Всемирный Совет Церквей поспешил выступить с заявлением, в котором говорилось об интервенции и вмешательстве во внутренние дела Чехословакии. 14 сентября Патриарх отправил председателю ВСЦ М. М. Томасу письмо, составленное управляющим делами митрополитом Алексием. В нём оспаривалось утверждение об интервенции, а ввод войск рассматривался как «необходимость защиты социалистического строя в Чехословакии, которому народ этой страны предан и само существование которого оказалось перед угрозой со стороны разрушающей деятельности антисоциалистических сил». Заканчивалось послание следующим образом: «Исходя из этого, мы убеждены, что совершившееся 21 августа с.г. предотвратило серьёзное кровопролитие и, возможно, международный вооружённый конфликт. Остаётся сожалеть, что, как бы лично ни относились Вы и Ваши коллеги к происходящему, призывы, заключённые в Вашем заявлении (пп. 4 и 5), фактически направлены на усиление имеющей ныне место кампании нагнетания напряжённости в международных отношениях. Эти призывы находятся в противоречии с содержанием и советско-чехословацких соглашений. Мы сожалеем, что Вы, господин Председатель, и Ваши коллеги обнародовали этот документ. Мы возносим усердные молитвы за народ Чехословакии, чтобы Вседержитель Господь благословил его мирный труд и всесторонний прогресс.
С любовью во Христе
Алексий, Патриарх Московский и всея Руси.
Успенский монастырь, г. Одесса, 14 сентября 1968 года».
Так во взаимоотношениях между Русской Православной Церковью и Всемирным Советом Церквей впервые пролегла трещина. До этого уже возникали некоторые трения, когда от наших архиереев пытались добиться признаний, что Церковь в СССР по-прежнему испытывает гонения, но президент ВСЦ Юджин Блейк посетил нашу страну и снял все вопросы, а IV ассамблея организации прошла в шведском городе Упсала вполне благополучно, даже КГБ дал ей положительную оценку. Занявший ненадолго «просоветские» позиции ВСЦ вскоре перестал финансироваться антисоветскими кругами Запада и вынужден был снова нахмуриться в сторону Страны Советов. Оттого-то и пролегла эта трещина, вызванная чехословацкими потрясениями.
Мир, как во время Карибского кризиса, вновь оказался на пороге третьей мировой войны. Советские люди жили в тревожном ожидании — на востоке шла грызня с китайцами из-за клочка земли под названием остров Даманский, на Западе НАТО грозило наказать нас за придушенную Пражскую весну. И те и другие страшили: китайцы — своим многомиллионным населением, европейцы да американцы — своей военной мощью. Лишь к концу 1969 года всё более или менее стало затихать. Всё-таки ни Запад, ни маоисты не решились воевать с ядерной Советской державой.
В начале 1970 года управляющий делами Московской Патриархии митрополит Алексий (Ридигер) был полностью поглощён подготовкой двадцатипятилетнего юбилея первосвятительского служения Патриарха Алексия. Четверть века — столько ни один русский Патриарх не был главой Церкви. 2 февраля в Московской духовной академии состоялись особые церковно-общественные торжества, затем — юбилейные богослужения в Богоявленском Елоховском соборе. Застолье проходило в Чистом переулке, в Патриаршей резиденции. Поздравительную телеграмму от Косыгина зачитал председатель Совета по делам религий при Совете министров СССР Куроедов. Через две недели едва живой юбиляр совершил в Елоховском всенощное бдение под праздник Сретения Господня, и сразу после этого у него случился инфаркт. Из больницы его перевезли в подмосковное Лукино, переименованное большевиками в Переделкино, где он проживал в небольшом домике, выпрошенном в своё время у Сталина. Там некогда располагалось имение Колычевых, места, связанные с митрополитом Филиппом, коего Патриарх Алексий особенно почитал. Здесь же располагалось подворье Троице-Сергиевой лавры.
Ему уже исполнилось девяносто два года, и все понимали, что кончина близка, да он и сам сказал: «Это моя последняя болезнь». 27 февраля и 2 марта Патриарх пережил ещё два сильных сердечных приступа. Неотлучно при нём всегда находились личный секретарь и келейник семидесятипятилетний Даниил Андреевич Остапов и управляющий делами митрополит Алексий, по сути, переселившийся в Переделкино, дабы постоянно общаться с больным Предстоятелем Церкви.