Два с половиной года длилось следствие, но сменявшие друг друга следователи так и не смогли заставить Войно-Ясенецкого признать что-либо «контрреволюционное». Дело дважды направлялось в Москву и дважды возвращалось на доследование. Сроки следствия продлевались, допросы возобновлялись, но результатов они не давали – подследственный ни в чем «контрреволюционном» не признавался и все «обвинения» отрицал. Но несмотря на это, 5 апреля 1939 года нарком внутренних дел Узбекской ССР утвердил обвинительное заключение по делу епископа Луки. Он обвинялся в активном участии и в руководстве деятельностью «контрреволюционной церковно-монархической организации» на территории Средней Азии, в связях с «всесоюзным нелегальным контрреволюционным церковным центром», а также в шпионаже в пользу английской разведки.
Из личного «добавления» В. Ф. Войно-Ясенецкого к делу № 4335
29 марта 1939 г.
…Я всегда был прогрессистом, очень далеким не только от черносотенства и монархизма, но и от консерватизма; к фашизму отношусь совершенно отрицательно. Чистые идеи коммунизма и социализма, близкие евангельскому учению, мне были всегда родственными и дорогими, но методов революционного действия я, как христианин, никогда не разделял, а революция ужаснула меня жестокостью этих методов. Однако я давно примирился с нею, и мне весьма дороги ее колоссальные достижения. Особенно это относится к огромному подъему науки и здравоохранения, к мирной внешней политике советской власти и к мощи Красной Армии, охранительницы мира.
Из всех систем государственного устройства советский строй я считаю, без всякого сомнения, совершеннейшим и справедливейшим. Формы государственного строя стран США, Франции, Англии, Швейцарии я считаю наиболее удовлетворительными из буржуазных систем.
Признать себя контрреволюционером я могу лишь в той мере, в какой это вытекает из факта заповеди Евангелия. Активным же контрреволюционером и участником дурацкой поповской контрреволюции я никогда не был, и до крайности оскорбительна мне роль блохи на теле колосса – советской власти, приписываемая мне следствием и ложными показаниями моих оговорщиков. Все 20 лет советской власти я был всецело поглощен научной работой по хирургии и чистым служением Церкви, очень далеким от всякой антисоветской агитации. Совершенно неприемлемо для меня только отношение советской власти к религии и Церкви, но и здесь я далек от активной враждебности.
Цит. по: Лисичкин В. А.
Лука, врач возлюбленный. Жизнеописание святителя и хирурга Луки (Войно-Ясенецкого). М., 2017. С. 300.
Поскольку «дело» было целиком построено на ложных показаниях некоторых подельников, которые к весне 1939 года уже были осуждены и расстреляны, оно не могло рассматриваться в открытом суде. По той же причине не могло оно быть рассмотренным и в Военном трибунале. В итоге 15 мая 1939 года пришли к решению о направлении следственного дела В. Ф. Войно-Ясенецкого на рассмотрение Особого совещания при НКВД СССР.
Из-за огромного числа дел, скопившихся в Особом совещании, дело епископа Луки было рассмотрено лишь 13 февраля 1940 года. Было постановлено: «за участие в антисоветской организации сослать в Красноярский край сроком на пять лет, считая срок со дня ареста».