Действия германских субмарин против торговых судов были успешными, поэтому англичане в первую же неделю боевых действий ввели систему конвоев, состоящих из 40–50 транспортных судов и 3–4 боевых кораблей охранения, которые сопровождали суда в пределах 200-мильной зоны от берега. Британская авиация принимала участие в воздушном патрулировании, но осуществляла его только в Ла-Манше и над Северным морем, поначалу не дотягивая до Атлантики. Позже самолеты стали базироваться на палубах крейсеров охранения конвоев и грузовых судов, а также на авианосцах.
14 сентября 1939 года уже упоминавшаяся лодка U-30 одержала победу над британским самолетом — правда, скорее, по вине самих летчиков. Лодку обнаружили английские бомбардировщики и забросали ее противолодочными бомбами. Произошло это на малой высоте, поэтому самолеты задела ударная волна от взрывов их же бомб, и они, потеряв управление, упали в морские волны. Всплывшая подлодка забрала с собой на базу двух спасшихся британских пилотов.
В итоге за первый месяц войны немцы пустили на дно более 150 000 тонн торгового тоннажа, из которого часть приходилась на долю нейтральных, в том числе и скандинавских, стран. В ответ на это командование ВМФ Британии призвало топить немецкие лодки, разбойничающие на морях. Так, шведское судно «Гун» в Северном море едва не протаранило субмарину U-3, которой командовал капитан-лейтенант Йоахим Шепке. Однако в итоге подлодка потопила шведское судно.
14 сентября 1939 года подводный флот Германии понес первую боевую потерю. Подлодка U-39 под командованием капитан-лейтенанта Герхарда Глаттеса предприняла атаку на авианосец «Арк Ройал», несший службу противолодочного охранения в 150 милях от Гебридских островов, выпустив по нему три торпеды, которые взорвались, не достигнув судна. Вскоре U-39 была атакована тремя эсминцами, охранявшими авианосец. Лодка пошла ко дну, а ее команду вытащили из воды и разместили под охраной на борту авианосца.
Три дня спустя подлодка U-29 под командованием капитан-лейтенанта Отто Шухарта, действовавшая в 200 милях к западу от Ирландии, атаковала и потопила английский авианосец «Корейджес», на борту которого находились 519 военнослужащих и 24 самолета. Вместе с авианосцем погибла большая часть команды. Этот первый реальный боевой успех немецкого подводного флота щедро отметило командование: офицеры и матросы получили по Железному кресту II степени, а командир Шухарт — Железные кресты I и II степени сразу. Это трагическое событие заставило англичан отказаться от использования авианосцев в системе противолодочной обороны коммуникаций. Предпочтение отдали усилению корпуса авиации береговой обороны. Авианосцы же на протяжении всей войны использовали в составе конвоев.
Одновременно с успехами подлодок росла и цена, которую приходилось платить подводникам. Союзные конвои стали обходить районы крейсирования подводных лодок. Это привело к тому, что командование подводными силами Германии стало отправлять лодки на поиски добычи к британским морским базам, где была сильна противолодочная оборона. Это часто приводило к обнаружению и гибели немецких субмарин. Охота на конвои и одиночные суда становилась все более опасной, причем наибольшую опасность для немецких подводных лодок представляла авиация союзников.
Эффективно действовали и надводные суда: 19 сентября подлодку U-27 под командованием капитана 3-го ранга Йоханеса Франца обнаружили британские эсминцы «Форестер» и «Форчун», которые забросали ее глубинными бомбами. Лодка погибла, а вся команда попала в плен.
Для борьбы с подводными лодками Адмиралтейство отдало приказ ставить минные заграждения на подходах к своим базам и портам, у восточных берегов метрополии, на Фарерско-Исландском пороге и в Дуврском проливе. 13 октября здесь на мине подорвалась и погибла U-40 под командованием капитана 3-го ранга Вольфганга Бартена. Из 41 члена команды удалось спастись только троим…
В борьбе против германских субмарин ВМФ Британии пытался использовать и собственные субмарины, но это оказалась малоэффективно, а однажды привело к трагическим последствиям. 10 сентября британская лодка «Оксли» во время патрулирования в противолодочной зоне совершила грубую ошибку в определении своего местоположения, в результате чего попала в район действий находившейся неподалеку лодки «Тритон». Обнаружившая «врага» «Тритон» произвела торпедную атаку, после которой «Оксли» затонула, став первым английским военным кораблем, погибшим во Второй мировой войне.