У Романа было большое войско, численность которого, по разным источникам, составляла от 40 000 до 70 000, но наиболее вероятной кажется цифра 50 000. Однако войско это было весьма разношерстным, византийские воины составляли лишь пятую часть от него. Византийцами командовал соправитель Романа Андроник Дука. Византийцы шли медленно, потому что их сдерживал большой обоз, без которого по пустынным районам Малой Азии передвигаться было невозможно. За это время Алп Арслан успел подтянуть к Маназкерту из Алеппо тридцатитысячную тюркскую конницу, усиленную арабскими отрядами. Легко завладев Маназкертом, византийцы на следующий день оказались в окружении сельджуков. 25 августа 1071 года византийская армия пошла на прорыв. В конце следующего дня, когда византийцам казалось, что победа уже близка, командующий резервным отрядом Андроник Дука внезапно покинул поле битвы вместе со своим войском и стал распространять слухи о гибели императора. Измена Дуки решила ход сражения. Арп Аслан одержал победу и даже захватил в плен Романа Четвертого, который выкупил свою свободу за огромную цену – полтора миллиона золотых монет единовременно с дальнейшей ежегодной выплатой по 360 000 монет (надо сказать, что до этих выплат дело не дошло, поскольку после сражения Роман лишился престола).
После победы при Маназкерте сельджуки захватили те армянские земли, которые пока еще оставались у Византии, а также бо́льшую часть Анатолии. Сельджуки не только открыли «ворота» в Малую Азию, но и нанесли удар по престижу Византии, армия которой была разгромлена вдвое меньшими силами «варваров-кочевников».
Армянское государство Филарета Варажнуни
Отношения между армянами и византийцами оставляли желать лучшего. В 1070 году возле Себастии византийская армия была разбита сельджуками, не получив помощи от армянского населения этого города, отданного дому Арцрунидов в обмен на Васпуракан. Армяне, одинаково ненавидевшие и сельджуков, и византийцев, не видели смысла вмешиваться в их противоборство. Годом позже, во время продвижения к Маназкерту, император Роман Четвертый в наказание разграбил и сжег Себастию, несмотря на приказ Диогена. Примечательно, что в войске Романа были и армянские отряды, но он не подумал о том, какое действие на них окажет подобный поступок. Пример Севастии стал тревожным сигналом для всех армянских князей, которые окончательно перестали доверять византийцам.
Знатный армянин Филарет Варажнуни в 1067 году был назначен императором Романом Четвертым главнокомандующим византийскими войсками в восточной части империи (доместиком схол Востока). Император Михаил Седьмой Дука, отобравший престол у Романа Четвертого, назначил доместиком своего брата Андроника, того самого, который дезертировал в самый решающий момент сражения при Маназкерте. Филарет Варажнуни отказался подчиняться Михаилу Седьмому и его брату. У него были силы для защиты своих владений, простиравшихся от Харберда до Киликии – восьмитысячный корпус наемников-франков и около 12 000 воинов, бежавших с захваченных сельджуками земель. Но при том Филарет не порывал с Византией окончательно. Там, где было нужно, он действовал от имени императора, а в 1078 году получил от преемника Михаила Седьмого Никифора Третьего почетный титул севаста, что означало признание Филарета в качестве владетеля территорий, оказавшихся под его властью. Формально севаст Варажнуни считался вассалом Византийской империи, но на деле он был самостоятельным правителем.