При переоборудовании на судне была демонтирована спаренная грузовая колонна позади средней надстройки, а на уровне верхних кромок фальшборта и комингсов кормовых грузовых люков настелена деревянная платформа с системой рельсовых дорожек и поворотных кругов.[* При этом, судя по фотографиям, платформа настилалась только в районе 6-го и 7-го грузовых люков, а на остальном пространстве между кормовой и средней надстройками устанавливалась только система рельсовых дорожек и поворотных кругов, но не сама платформа.] За средней надстройкой с правого борта была установлена одна катапульта.
При вступлении в строй артиллерийское вооружение "Кимикава-мару" включало два 15-см орудия тип 41-го года в двух одноорудийных установках, два "коротких" 8-см зенитных орудия тип 5-го года в одноорудийных установках, два спаренных 25-мм автомата тип 96 и два 7,7-мм пулемёта тип 92.
15-см орудия устанавливались в двух палубных установках без полагающихся по проекту щитов (они были смонтированы только в 1943 г.) на возвышенных площадках на полубаке и кормовой надстройке. Зенитные 8-см орудия устанавливались в двух палубных установках на верхней палубе побортно между второй парой грузовых колонн и средней надстройкой. 25-мм автоматы устанавливались побортно на кормовой кромке шлюпочной палубы, а пулемёты — на крыльях компасного мостика.
В ноябре-декабре 1943 г. 15-см и 8-см орудия были сняты, а на площадках 15-см орудий были установлены два 12-см зенитных орудия тип 10-го года в открытых палубных установках. На средней надстройке установили две башенки для боевых прожекторов — одного 90-см и одного 110-см.
Штатная авиагруппа корабля включала 6 операционнопригодных гидросамолётов-разведчиков тип 0, плюс 2 запасных. Такой состав объяснялся, скорее всего, тем, что гидроавианосец планировалось использовать в северной части Тихого океана с его плохой погодой и большими расстояниями. А для такой службы Е13А1, имевшие закрытую кабину и дальность полёта почти в три раза больше, чем F1M2, подходили гораздо больше.
Скорее всего, гидроавианосец никогда не нёс запасных машин: по крайней мере, во время кампании на Алеутских островах его авиагруппа состояла только из 6 операционнопригодных Е13А1. Однако, существуют две фотографии "Кимикава-мару", несущего три 3-местных разведчика Е7К1, причём один из них точно принадлежит к авиагруппе корабля. На основе анализа фотографий можно утверждать, что, по крайней мере, в конце 1942 г. авиагруппа "Кимикава-мару" фактически состояла как минимум из трех Е7К1 и двух Е13А1. К сожалению, неизвестна причина замены более новых самолётов более старыми — скорее всего, с началом кампании на Соломоновых островах современные Е13А оказались более нужными там, и потери авиагруппы "Кимикава-мару" в Алеутской кампании пришлось восполнять теми самолётами, что имелись под рукой.