Переоборудование "Кимикава-мару" было завершено в конце августа 1941 г., после чего корабль, с 1 сентября 1941 г. приданный 5-му флоту, под командованием капитана 1 ранга Аоки Сэцудзи отправился в Сасэбо, куда и прибыл 5 сентября. Уже 1 октября гидроавианосец получил нового командира — капитана 1 ранга Усуку Сюити.
Вскоре после начала войны, 10 декабря 1941 г., корабль вошёл в состав 21-й дивизии 5-го флота — странного соединения, сочетавшего достаточно тихоходного "экс-купца" "Кимикава-мару" с легкими крейсерами "Тама" и "Кисо". Впрочем, уже с 31 декабря 1941 г. гидроавианосец был придан непосредственно 5-му флоту.
После окончания боевой подготовки в начале ноября 1941 г. корабль вышел в свой первый поход, патрулируя у островов Огасавара (Бонин) к югу от Японии. Далее последовало докование в Йокосука (11-30 ноября), после чего он отправился к новому месту базирования — Оминато. При этом второй базой корабля стал небольшой порт Аккэси в восточной части острова Хоккайдо. Прибыв на место 2 декабря, до конца мая 1942 г. гидроавианосец по большей части занимался противолодочным патрулированием и наблюдением за советскими кораблями и судами у Камчатки и в Охотском море. Случались и более рискованные операции. Так, 22-27 февраля 1942 г. гидросамолёты с "Кимикава-мару" проводили фоторазведку гавани в Усть-Большерецке на Камчатке, а 6-18 мая "Кимикава-мару" под прикрытием крейсера "Кисо" ходил разведывать острова Адак и Кыска в Алеутском архипелаге — Адак удалось обследовать 11 мая, а вот Кыска была закрыта густыми тучами.
Всё это время тактическая подчинённость гидроавианосца регулярно менялась: с 1 февраля он вошёл в состав Северного патрульного отряда, а с 20 мая вместе с эсминцем "Сиокадзэ" сформировал Гидроавианосный отряд Северных сил (то есть 5-го флота).
26 мая 1942 г. "Кимикава-мару" вышел из Оминато и в тот же день прибыл в залив Муцу, где собралось крупное соединение, предназначенное для операции "AL". 29 мая корабль покинул залив в составе Сил вторжения на Адак, которыми командовал контр-адмирал Омори Сэнтаро. Кроме "Кимикава- мару", в его состав входил лёгкий крейсер "Абукума", эсминцы 21-го дивизиона "Хацухару", "Хацусимо", "Вакаба" и "Нэнохи", а также минный заградитель "Маганэ-мару". 1 июня Силы вторжения прибыли к острову Парамушир, откуда в тот же день отправились к Алеутским островам. При этом в последний момент соединению был придан эсминец "Сиокадзэ".
Кыска и Атту были заняты японскими войсками соответственно 6 и 7 июня 1942 г., при этом на Кыску высаживались части флота, а на Атту — армии. На следующий день в гавань Кыски прибыл "Кимикава-мару", выгрузивший на берег всю свою авиагруппу (8 Е13А1), а также запасы топлива и иное имущество, необходимое для нормального функционирования базы гидроавиации. Поскольку сил одного гидроавианосца на этом направлении явно не хватало, а сухопутного аэродрома на острове не было, 9 июня Гидроавианосный отряд Северных сил был усилен гидроавианосцем "Камикава-мару" (к его командиру перешло общее командование отрядом) и эсминцем "Хокадзэ". 15-го числа "Камикава-мару" прибыл на Кыску, где передал на берег свою авиагруппу. Вместе с прибывшим на остров отрядом из флотской авиагруппы "Токо" (6 больших летающих лодок тип 97 (Н6К) авиагруппы двух гидроавианосцев составили достаточно мощную для этого района группировку авиации.
Первоначально японские самолёты господствовали в воздухе, регулярно совершая вылеты на разведку и бомбёжку американских сил на Алеутских островах, но затем американцы опомнились, и их 11-я воздушная армия начала ответные атаки. Их сила была такой, что 18 июня "Кимикава-мару" ушёл от Кыски на стоянку к расположенному гораздо западнее острову Агатту, возвращаясь на Кыску только по ночам, обычно с грузом авиабензина, запасы которого корабль пополнил 27 июня в Оминато. Но американцы нашли и эту базу, и 3 июля Агатту "посетили с дружественным визитом" 7 бомбардировщиков В-24. Одна из сброшенных ими бомб разорвалась неподалёку от борта "Кимикава-мару", убив несколько человек из экипажа и нанеся небольшие повреждения кораблю. 7 июля "Кимикава-мару" покинул Агатту и отправился в Оминато, а затем в Йокосука, куда и прибыл 14-го числа.