11 мая американцы начали операцию "Лендкрэб", целью которой было освобождение Атту. Не подозревая об этом, в тот же самый день "Кимикава-мару" вышел с Парамушира в составе Отряда Атту вице-адмирала Кавасэ Сиро,[* Кроме гидроавианосца, в отряд входили 1 тяжёлый и 1 лёгкий крейсер, а также 2 эсминца.] неся на борту 8 F1M2 и 2 A6M2-N из состава 452-й авиагруппы флота. По плану, корабль должен был выпустить самолёты в точке в 250 милях к юго-западу от Атту, после чего те должны были полететь на остров Кыска, но после получения известий об американской операции всему отряду было приказано вернуться обратно на Парамушир. При этом "Кимикава-мару" 15 мая прибыл в бухту Катаока. Скорее всего, именно там он сгрузил на берег самолёты. С тех пор гидроавианосец четыре раза навещал бухту Катаока (13 и 23 июня, 10 и 31 июля), совершая патрульные переходы между Оминато и островом Шумшу, а заодно и перевозя на остров грузы и самолёты.
10 августа корабль последний раз покинул бухту Катаока, но отправился не в Оминато, а в Сасэбо (прибыл 15 августа), где прошёл докование и ремонт, во время которого сняли прожектор №1 и установили радар №2-1, а также несколько спаренных 13-мм зенитных пулемётов. Там же произошла смена командиров: капитана 1 ранга Ясима сменил капитан 1 ранга Кобаси Гирёо. Окончив ремонт и модернизацию, 25 сентября корабль покинул родную базу и отправился в Оминато, куда и прибыл 27-го числа.
1 октября 1943 г. приказом по внутренней службе №2038 служба "Кимикава-мару" в качестве гидроавианосца официально закончилась. В тот же день приказом №2041 судно "Кимикава-мару" было включено в списки флота как специально оборудованный военный транспорт, приписанный к ВМБ Сасэбо.
Впрочем, это не сказалось на его службе — корабль продолжал базироваться на Оминато и патрулировать северные воды, дважды сходив к Парамуширу и обратно (1-13 октября, попутно проинспектировав рыболовный промысел в районе Отару, и с 17 октября по 13 ноября). Только 15 ноября бывший гидроавианосец окончательно покинул Оминато и 18-го прибыл в Сасэбо, где в течение четырёх дней с него сняли катапульты и другое авиационное оборудование, восстановили снятую при переделке в гидроавианосец третью спаренную грузовую колонну с грузовыми стрелами и заодно усилили зенитное вооружение (бесполезные против воздушных целей 15-см орудия были сняты, а взамен установлены гораздо более эффективные 12-см зенитные орудия).
После переделки в транспорт "Кимикава-мару", переданный с 20 ноября 1943 г. в непосредственное подчинение командованию Объединённого флота, оставался в Сасэбо ещё месяц. Только 23 декабря он покинул Сасэбо и отправился в Модзи с грузом цемента под эскортом из эсминца "Хибики" и тральщика №13. 26-го числа корабли прибыли в порт Юра, откуда вышли на следующий день, отправляясь, скорее всего, на один из островов в центральной части Тихого океана. Впрочем, далеко "Кимикава-мару" не ушёл — около полудня того же 27 декабря неподалёку от мыса Сиономисаки (восточное побережье острова Хонсю) он был торпедирован подводной лодкой "Тотог" (SS199). Командир субмарины заявил о двух попаданиях из трёх выпущенных торпед, японцы же отрапортовали только об одном попадании из семи (!) выпущенных торпед. Как бы то ни было, попадание в трюм №6 привело к его затоплению, а также соседнего трюма №5. Кроме того, взрыв повредил рулевую машину и вал. К счастью, новых атак не последовало, и "Кимикава-мару" смогли дотащить до ближайшего порта Фукуро. 3 января 1944 г. транспорт на буксире прибыл в Кобэ, но там, похоже, не нашлось свободных ремонтных мощностей, и месяц спустя его перевели в Осака, где "Кимикава-мару" был окончательно отремонтирован на верфи "Хитати дзоосэн".
После окончания ремонта (24 июня) транспорт перешёл в Модзи, откуда 13 июля 1944 г. вышел в Сингапур в составе конвоя "ХИ-69", куда прибыл (с заходом в Манилу) 31-го числа. 6 августа транспорт с военнослужащими на борту отправился в Сурабаю, после чего до конца месяца продолжал действовать в том районе, посетив Баликпапан и Макассар.