За время действий на Новой Гвинее по поддержке японских войск в районе бухты Милн группа потеряла не меньше 7 А6МЗ и 3 пилотов. Кроме того, часть пилотов 2-й АГ осталась в Рабауле и летала к Гуадалканалу в составе АГ «Тайнань», используя при этом истребители А6М2, имевшие большую, чем А6МЗ, дальность полёта. Понятно, что такая активная деятельность не могла не сказаться на боевом составе авиагруппы — на 12 сентября 1942 г. он насчитывал приблизительно 8 истребителей и 5 пикировщиков.
К счастью, боеспособных пилотов в составе авиагруппы было больше, чем самолётов, и 12 сентября 1942 г. именно истребительному отряду 2-й АГ (12 пилотов из 2-й АГ и 3 пилота из 6-й АГ) поручили прикрывать 26 базовых ударных самолётов Тип 1 (G4M1) из состава авиагрупп «Кисарадзу», «Титосэ» и «Мисава», отправленных на бомбёжку Гуадалканала. Любопытно, что истребители, взлетевшие с аэродрома Лакунаи у Рабаула, провожал в бой сам начальник штаба Объединённого флота контр-адмирал Угаки Матомэ. При этом истребители («одолженные» А6М2) под командованием капитан-лейтенанта Куроканэ были разделены на две эскадрильи (9 и 6 машин), которые шли на флангах «клина» бомбардировщиков, чуть выше и позади своих подопечных.
Благодаря прекрасной видимости японцы увидели Гуадалканал в 11:05 — раньше, чем их смог «увидеть» американский радар. Поэтому около 11:48, пока американские истребители только набирали высоту, японские бомбардировщики без проблем смогли зайти в атаку на аэродром Хендерсон. Но хорошая видимость помогла и американским зенитчикам, сбившим два бомбардировщика. На отходе японцев наконец атаковали 26 «Уайлдкетов» из состава флотской эскадрильи VF-5 и «морпеховских» VMF-223 и VMF-224. Они старались не ввязываться в ближний бой с истребителями, а сосредоточиться на атаке бомбардировщиков в стиле «ударил-удрал». Благодаря этой тактике американцы вообще не понесли потерь в воздухе, несмотря на яростное сопротивление японских истребителей. За два тяжело повреждённых «Уайлдкета» из VF-5 (один из которых разбился при посадке, в результате чего погиб пилот) японцам пришлось заплатить 6 сбитыми бомбардировщиками и 1 истребителем, а ещё 10 бомбардировщиков и 1 истребитель были повреждены.
Однако проблему недостаточной дальности А6МЗ надо было как-то решать. Поскольку дальность полёта увеличить было невозможно, было решено приблизить к Гуадалканалу базы истребителей. Именно поэтому для переброски на новый аэродром Бука, находившийся на небольшом остове у северной оконечности острова Бугенвиль, первой была отправлена именно 2-я авиагруппа. 28 сентября капитан 2-го ранга Ямамото привёл из Рабаула на аэродром Бука 21 истребитель (часть явно была сверхштатными) и 5 пикировщиков — что значительно повысило возможности японской авиации как по действиям над Гуадалканалом, так и по прикрытию находящейся на южной оконечности Бугенвиля якорной стоянки Шортленд, с которой отправлялись конвои с подкреплениями и снабжением гуадалканальской группировки японцев. Также истребители должны были участвовать в прикрытии базовых бомбардировщиков-торпедоносцев, регулярно бомбивших Гуадалканал.
С 1 октября 1942 г. 2-я авиагруппа была передана из непосредственного подчинения 8-го флота в состав 26-й воздушной флотилии 11-го воздушного флота.