Адмирал Черного моря в своем отчете указал, что еще около 8 тысяч были приняты на суда, но погибли вместе с ними. Установить действительную цифру немецких потерь на судах не представляется возможным, да это и не столь важно, поскольку общий расчет немецких безвозвратных потерь определяется не суммой потерь на суше и на судах (таких заслуживающих доверия цифр попросту нет!), а разницей между численным составом войск в Крыму на 2 мая и пополнениями (94-95 тыс.) и числом эвакуированных всеми видами транспорта (43,9 тыс.).
Почему же цифра погибших на судах из доклада Бринкмана не вызывает доверия? С одной стороны, часть судов из-за неподчинения капитанов уходили от берегов Херсонеса недогруженными, и, следовательно, жертвы при их гибели не могли быть настолько велики, как указывалось в отчете об эвакуации. В частности, речь идет о теплоходах «Тотила» и «Тея», которые должны были принять около 9 тыс. солдат, но фактически (по данным сухопутного командования, морского коменданта Крыма и лоцманской службы, управлявшей движением) загрузились не более, чем на треть. Около пяти сотен из них было спасено при гибели транспортов. Следовательно, на обоих теплоходах не могли утонуть 7,3 тыс. человек, как утверждал вице-адмирал Бринкман. С другой, адмирал не принимал в расчет солдат, погибших на тех плавсредствах, которые были только повреждены и достигли берегов Румынии. А потери на них в ряде случаев бывали довольно значительны. Так, с БДБ F-472, подвергшейся удару советских штурмовиков 10 мая, было выброшено в море 49 трупов немецких и румынских солдат, на эсминце «Реджеле Фердинанд», получившем на следующий день попадание авиабомбы, погибло 21 солдат и т.п. Никто не вел учет тех, кто сел на мелкие, в том числе самодельные плавсредства и попытал счастья в бурном море (волнение 10 мая составляло 4-5 баллов, 11-12 мая - 3-4 балла). Такие случаи были не единичны, а число спасавшихся таким способом - довольно значительным. Так, например, 13 мая в районе Зонгулдака к турецкому берегу пристала пинасса с 77 немецкими и румынскими солдатами. Сколько из таких плавсредств либо было потоплено нашими летчиками, либо затонуло в свежую погоду, мы уже не узнаем никогда. И все-таки, подавляющее большинство не эвакуированного личного состава 17-й армии погибло или попало в плен именно в последние дни или даже часы эвакуации и именно в силу неспособности ВМС «Оси» своевременно и в полном объеме принять их на борт и обеспечить доставку в Румынию. Это подтверждается и тем, что из 24 361 военнослужащих противника, попавших в плен между 7 и 12 мая, примерно 21,2 тысяча сложили оружие на мысе Херсонес утром 12-го после того, как на горизонте растаяли дымы последних уходивших кораблей.
За время Крымской операции морские коммуникации противника были серьезно нарушены, однако, из-за ограниченного количества выделенных сил, слабости разведки, перебоев в материально-техническом обеспечении, а также из-за просчетов оперативного характера, прервать их полностью, как требовала Ставка, не удалось. Большая часть вражеских войск была вывезена в тот период, когда из-за отдаленности мест базирования ни морская авиация, ни торпедные катера не могли эффективно действовать. Главная же причина состояла в том, что авиация, подлодки и катера могли лишь наносить некоторый урон врагу, но не могли заставить его прекратить отправку конвоев. Полностью блокировать Крым могли бы только надводные корабли, но Ставка не дала разрешения на их использование, сомневаясь в том, что командование флота сможет организовать их эффективное применение и взаимодействие с другими родами сил. С учетом уровня подготовки личного состава эскадры и проявившегося ранее неумения флотских штабов организовывать взаимодействие разнородных сил это решение можно признать правильным. Тем не менее, действия ЧФ в ходе Крымской операции по достигнутым результатам стали наиболее успешными в ряду попыток сорвать вражескую эвакуацию морем на всех театрах за годы войны.
После окончания эвакуации из Крыма поток немецких грузоперевозок на черноморском театре сократился до минимума. Известно, что в течение второй половины мая в порту Констанцы было разгружено 2,7 тыс. т грузов, погружено - 2,3 тыс. т., за июнь - 0,4 тыс. т и 0,8 тыс. т, за июль - 0,3 тыс. т и 0,9 тыс. т соответственно. В августе, как говорилось выше, вражеские коммуникации прекратили свое существование вместе с торговым флотом, осуществлявшим по ним перевозки.
Система обороны коммуникаций противником в начале 1944 г. достигла своей максимальной мощи. Как и раньше она включала непосредственное конвоирование и воздушное прикрытие судов, фланговое прикрытие трасс перевозок минными заграждениями, поиск подводных лодок группами охотников за подлодками и самолетами, контрольное траление фарватеров, а также непосредственную проводку кораблей за тралами в районах баз. На подходах к базам, а также на маршрутах развертывания легких сил противника могли выставляться корабельные или катерные дозоры.