Что касается штурмовиков, то к осени 1988 г. основной базой 3-й эскадрильи был аэродром Шинданд, а 1-й и 2-й эскадрилий - Баграм (из числа последних на столичный аэродром время от времени командировались восемь «сушек», основной задачей которых было прикрытие столицы от ракетных атак моджахедов и сопровождение взлета - посадки литерных «бортов»).
Летчики «грачей» именно в Кабуле впервые увидели всю кровь и грязь войны. На их глазах в воскресенье 13 ноября 1988 г. ракета попала в модуль - импровизированную «ленинскую комнату» 4-й вертолетной эскадрильи 50-го отдельного смешанного авиаполка. В одно мгновенье погибли 11 человек, еще 46 были ранены.
Умело действовал в этот трагический момент начальник воздушно-огневой и тактической подготовки штурмового полка майор Александр Иванков. Вот как об этом говорится в его представлении к ордену Красного Знамени: «Особо отличился 13 ноября 1988 года при обстреле мятежниками г. Кабул реактивными снарядами. В сложной, критической обстановке, под интенсивным обстрелом сумел вывести самолет из зоны поражения. Возглавив пару самолетов Су-25, тактически грамотно нанес бомбо-штурмовой удар по огневым точкам мятежников, в результате которого уничтожено 4 пусковых установки, 20 реактивных снарядов к ним и около 15 бандитов. Благодаря смелым и решительным действиям старшего ударной группы самолетов Су-25 мятежникам нанесен значительный урон, предотвращен дальнейший обстрел аэродрома и г. Кабул и дана возможность беспрепятственного вылета в СССР правительственной делегации».
Сам Александр Петрович рассказывал: «Только прилетели, и я с 12 на 13 ноября уехал в Кабул. А утром начался знаменитый обстрел. Кобринская эскадрилья погибла там вся. PC попал в модуль где находились летчики. Они телевизор смотрели и не пошли в убежище, которое там было потому, что обстрелы там были каждый день. Ракеты земля-земля прямо на треногу ставили, подносили батарею, прицелившись на глаз, и с опытом получали очень неплохие результаты. И вот как раз только мы приехали, еще ничего не знаем, а тут трупы кровь прямо на глазах. Мне пришлось взлететь. Нашел я эту огневую точку и нанес удар по ней. За это и получил первую Красную звезду. Садился я на другой аэродром, а на следующий день вернулся в Кабул».
Основная работа в ДРА строилась на уничтожении заранее заданных целей как то скопление бандформирований, склады оружия, укрепрайоны мятежников. При этом использовались обычные и объемно-детонирующие бомбы калибром 500 кг, НАР С-13, С-24, С-25.
В этот период вся наличная советская авиация в Афганистане перешла на «работу по площадям» с целью нанесения противнику максимального урона. Как вспоминали летчики, это было не самое эффективное использование авиации, так как координаты поступали за сутки (разведданные еще раньше), и часто удары наносились по тем местам, где уже никого не было.
3-я эскадрилья фактически была «прикреплена» к «местному» спецназу, который занимался перекрытием караванных путей из Пакистана. Особенностью эскадрильи было наличие на постоянной основе дежурного звена на аэродроме и вылет по команде. Это было крайне необходимо, так как с десантниками была отработана тактика, при которой та группа спецназа, которая досматривает караваны, получая отпор от сопровождавших караван боевиков, вызывает штурмовики, которые уничтожают караван. Фактически, это была типичная «работа по вызову».
Продолжались и характерные для последнего периода войны вылеты на разведывательно-ударные действия (РУД). Целями при этом являлись караваны с оружием и места стоянок. «Зарядка» была универсальная - пара пятисоткилограммовых бомб или РБК и пара блоков НАР Б-8 или УБ-32. Поиск цели осуществлялся днем вдоль основных караванных путей. При обнаружении колонны, запрашивали командный пункт, получали ответ, что наших войск в данном районе нет и «добро» на удар, цель уничтожали. После месяца такой работы, дневные передвижения караванов по ДРА прекратились. Днем РУД были эффективны, когда требовалось подавить огневые точки, которые обстреливали аэродромы и позиции наших войск. Грачи «висели» в воздухе, определяли направления, откуда начинался обстрел аэродрома или наших позиций, и наносили удары. Зачастую это были пуски с импровизированных самодельных установок (сколоченные из досок направляющие - одна или две ракеты, блок питания, часовой механизм). Схема пусков была следующая - установка примерно нацеливались, а через заданное время срабатывал часовой механизм, и ракета уходила в сторону цели. Летчики обнаруживали пуск, наносили удар по установкам, но там оставались лишь пустые направляющие.