Но нельзя было ожидать, что Бейбарс, делом всей жизни которого было освобождение мусульманского Ближнего Востока от двойной угрозы – от христианфранков и язычников-монголов, станет терпеть независимость региона, в котором проживают опасные еретики и убийцы, в самом центре Сирии. Его биограф пишет, что в 1260 году он отдал земли ассасинов в феодальное владение одному из своих полководцев. В 1265 году приказал взимать налоги и пошлины с «даров», привезенных ассасинам от различных правителей, которые платили им дань. Среди них различные источники называют «императора Альфонсо, королей франков и Йемена». Ассасины, ослабленные в Сирии и сломленные судьбой своих братьев в Персии, были не в состоянии оказывать сопротивление. Смиренно приняв эту меру, они сами стали платить дань Бейбарсу, и вскоре уже он вместо павшего владыки Аламута назначал их на должности и освобождал от обязанностей по своей воле.
В 1270 году Бейбарс, недовольный позицией престарелого вождя Наджм ад-Дина, сместил его и назначил на его место своего более покладистого зятя Сарим ад-Дин Мубарака, ассасинского правителя Улайки. Новый правитель, занимавший свою должность как представитель Бейбарса, был выдворен из Масьяфа, а замок поступил под прямое управление Бейбарса. Но благодаря уловке Сарим ад-Дин завладел Масьяфом. Бейбарс изгнал его и отправил в Каир как пленника, где тот и умер, будучи, вероятно, отравлен; и теперь подвергнутый наказанию Наджм ад-Дин был вновь назначен правителем совместно со своим сыном Шамс ад-Дином в обмен на ежегодную выплату дани. Оба они названы в надписи, сделанной в мечети Кадмуса приблизительно в это же время.
В феврале или марте 1271 года Бейбарс арестовал двух ассасинов, которые якобы были посланы убить его. Было сказано, что они отправились с посольской миссией из Улайки к Богемонду VI в Триполи, а тот послал их убить султана. Шамс ад-Дин был арестован по обвинению в шпионской деятельности в пользу франков, но освобожден после того, как приехал его отец Наджм ад-Дин и заявил о его невиновности. Двое предполагаемых убийц были отпущены на свободу; двое правителей-исмаилитов под давлением согласились сдать свои замки и жить при дворе Бейбарса. Наджм ад-Дин поехал с Бейбарсом и умер в Каире в начале 1274 года. Шамс ад-Дину было разрешено отправиться в Кахф, «чтобы уладить дела». Там он начал организовывать сопротивление, но напрасно. В мае– июне 1271 года полководцы Бейбарса захватили Улайку и Русафу, а в октябре Шамс ад-Дин, поняв, что его дело безнадежно, сдался Бейбарсу. Сначала ему был оказан хороший прием. Позднее, узнав о заговоре с целью убийства его эмиров, Бейбарс депортировал Шамс ад-Дина и его сторонников в Египет. Блокада замков продолжилась. Хаваби пал в тот же год, а оставшиеся замки были все до одного к 1273 году оккупированы.
Когда ассасины покорились Бейбарсу, их квалифицированные услуги, по-видимому, какое-то время были в его распоряжении. Уже в апреле 1271 года Бейбарс пригрозил графу Триполийскому убийством. Покушение на принца Эдуарда Английского в 1272 году и, возможно, убийство Филиппа Монфорского в Тире в 1270-м были инспирированы им же. Некоторые более поздние летописцы также пишут об использовании ассасинов мамлюкскими султанами, чтобы убрать с дороги противников, а мавританский путешественник XIV века Ибн Баттута даже описывает такие договоренности: «Когда султан хочет отправить одного из них убить своего врага, то платит им за пролитую кровь. Если убийце удается скрыться после выполнения своего задания, то деньги – его; если же он бывает схвачен, деньги получают его дети. Для убийства намеченных жертв они используют отравленные ножи. Иногда их заговоры бывают раскрыты, и их самих убивают».
Такие рассказы, вероятно, являются следствием выдумок и подозрений, которые имеют не больше значения, чем байки, рассказываемые на Западе о подстроенных убийствах властителей в Европе, осуществленных за деньги Старцем Горы. После XIII века не было больше подтвержденных убийств, совершенных сирийскими ассасинами, действовавшими в интересах своей секты. С того времени исмаилизм впал в состояние застоя и превратился в незначительную секту еретиков в Персии и Сирии, практически не игравшую никакой политической роли. В XIV веке в роду имамов-низаритов произошел раскол. Сирийские и персидские исмаилиты последовали за различными претендентами и с тех времен прекратили поддерживать друг с другом какую-либо связь.