1 ноября 1938 г люфтваффе претерпели серьезную реорганизацию. Впервые истребительная авиация была разделена на две части — «легкие» (leichten) и «тяжелые» (schweren) истребительные группы. Последние 1 января 1939 г стали группами «охотников» (Zerstoren). Кроме I/JG 130, которая была вооружена Bf.109C и Bf.109D, и одной или двух групп, вроде I/JG 133, ожидающих перевооружения, все «легкие» группы были вооружены либо Bf. 109B, либо Bf.109С. 1 января 1939 г «тяжелые группы» были переименованы в группы «охотников». JG 141 стал ZG 1, I группа эскадры вскоре после этого была перевооружена на Bf 110. JG 142 стала ZG 26 «Хорст Вессель», JG 143 стала ZG 52, a JG 144 стала ZG 76 — ее 2-я группа получила Bf. 109B, а 1-я-Bf 110.
В начале 1939 г на «Мессершмитт» зачастили иностранные делегации, что привело к нескольким контрактам на экспорт истребителя. Первым было получено разрешение на экспорт в Швейцарию.
Практически всех без исключения потенциальных покупателей интересовал вариант под двигатели «Даймлер-Бенц», которые к тому времени поступали в люфтваффе в ограниченном количестве. Зато швейцарцы согласились купить 10 машин Bf.109C с двигателем Jumo, так как очень нуждались в современном истребителе.
Первый Bf.109C поступил в Швейцарию 17 декабря 1938 г, а 10-й — 19 января 1939 г. По сути это были гибриды Bf. 109В под двигатель Jumo 210Da с вооружением Bf. 109С-1. Самолеты перегонялись из Аугсбурга в Швейцарию пилотами заказчика, причем практически не имели оборудования. Радиостанции и вооружение ставились уже в Швейцарии. Швейцарские самолеты вооружались четырьмя 7,45-мм пулеметами. Фюзеляжная пара пулеметов имела 480 патронов на ствол, а крыльевая — 418. Истребители поступили 15-ю «флигеркомпанию».
Вооружение Bf.109С: 4 7,9-мм пулемета MG 17 с 500 патронами на ствол (два фюзеляжных имели 500 патронов на ствол и 420 патронов для крыльевых пулеметов).
Messerschmitt Bf.109D
В июле 1938 года известный в мире американский пилот Альфорд Вилльямс — близкий друг Удета — прилетел в Германию на «Гульфхоке» G-22 фирмы «Грумман» и получил разрешение подняться в воздух на Bf.109D. Вилльямс потом составил отчет о своем полете, где он назвал Bf. 109 лучшим истребителем в мире. Не известно какие были бы его оценки, если бы кроме Bf. 109 он облетал еще и «Харрикейн» или «Спитфайр». Его оценка в основном базировалась на той информации, которую ему предоставили в Германии. К тому же Вилльямсу не сказали, что самолет, на котором он летал, имел гораздо более мощный мотор, чем те которые состояли на вооружении истребительных эскадрилий.
С самого начала работ по Bf. 109 планировалась установка на него двигателя DB 600 — 12-цилиндрового, типа перевернутой V, жидкостного охлаждения, работа над которым началась на «Даймлер-Бенце» в 1932 г.
В самом деле, первоначальные требования воздушного штаба предусматривали взаимозаменяемость двигательных установок DB 600 и Jumo 210. Еще в июне 1937 г на Bf. 109 V10 двигатель Jumo 210G заменили на DB 600Аа. Таким образом он стал первым опытным самолетом Bf. 109D. Правда, в рождении последнего эта опытная машина сыграла мало роли, так как была разбита в Цюрихе. VI1, V12 и VI3 (первоначально последние предсерийные Bf.109B-0) были оснащены новым двигателем, а последний получил специально форсированный DB 601, что и принесло Германии мировой рекорд скорости среди сухопутных самолетов.
Bf. 109D был по сути промежуточным решением в ожидании поступления Bf.109E с двигателем DB 601, хотя и имел характеристики гораздо более высокие, чем вариант с Jumo 210. Тому были три причины. Главной из них было то, что с самого начала — с 1933 г люфтваффе делали основную ставку на бомбардировочную авиацию, которую следовало создать как можно скорее, чтобы избежать возможного противодействия немецкому вооружению со стороны Англии и Франции. Таким образом приоритетными были поставки DB 600 для «Хейнкеля» Не 111. К 1938 г взгляды переменились диаметральным образом, а двигатель DB 600 уже заменялся в производстве на DB 601. В результате РЛМ решило ограничиться выпуском небольшого числа Bf. 109D под DB 600, а основной упор сделать на Bf.109E с DB 601. Всего было выпущено меньше 200 Bf. 109D. Третьей причиной было то, что DB 600 был не особо доведенными, и тем более не годился для одномоторного истребителя из-за недостаточной надежности.