Через несколько дней после этого Франк был приглашен на допрос. После девяти месяцев дознания, в октябре 1958 г., он предстал перед районным судом в Иерусалиме по обвинению в фотографировании и хранении особо секретных документов Военной разведки, а также в контактах с офицерами египетской армии в Европе.
На самом деле агенты, наблюдавшие в Европе за Франком, ничего компрометирующего его не заметили. Он действительно встречался с египтянами, но никаких доказательств, что он передавал им секретную информацию, не было.
В момент ареста у него были (найденные, правда, позднее) фотографии документов, которые ему иметь было не положено, в том числе извлечения из особо секретной «лиловой папки», самой охраняемой в Военной разведке, а также фотопленка (тоже из сейфов Военной разведки) сфотографированных им самим в Египте ракетных установок. До сих пор не найдено удовлетворительного объяснения тому, как этот особо секретный материал к нему попал.
Франк утверждал, что все эти материалы были ему подброшены агентами Исера Харела с тем, чтобы вынудить его сорвать крышку с ящика Пандоры в афере с «Сюзанной». Эти обвинения лишены всяких оснований. Харел был всей душой, безоговорочно предан Бен-Гуриону. Следствие по делу Франка показало, что и премьер-министр замешан в нем. Оклеветать Поля Франка было не в интересах Харела. Кроме того, подобные поступки вообще не вязались с характером начальника Мосада. Обвинение утверждало, что материалы были украдены с целью передачи их египтянам. Доказательств, однако, не было. Франк утверждал, что материалы эти он из Израиля не вывозил. Разумеется, можно предположить, что он мог обещать их вывезти, когда, например, получил разрешение на выезд в Европу в связи с болезнью отца. Ящик с этими документами он оставил на хранение у своего коллеги из Военной разведки. Но так не мог поступить человек, которому есть что скрывать. Документы эти сыграли свою роль в качестве одного из тех таинственных элементов, из которых в конце концов сложилось «дело» — cause célebre, развитие которого привело через восемнадцать месяцев к окончательному уходу Давида Бен-Гуриона с политической арены.
Уйти пришлось и Харкави. В апреле 1959 г. он и начальник Отдела операций подали в отставку. К этому их вынудили последствия одного мероприятия, несогласованного с кабинетом министров. Суть его была в следующем. В один прекрасный день премьер-министр узнал, что население страны, повинуясь кодовым призывам радио ко всем резервистам явиться в свои части, побросало работу в конторах и на заводах. Это создало невероятный беспорядок, к тому же обошлось, если учесть недоданную продукцию, в миллион долларов.
Правительство вынуждено было отреагировать, хотя бы символически. Харкави и начальнику Отдела операций предложено было уйти. Бен-Гурион сказал Харкави, что через месяц он может вернуться на работу. Но Харкави решил, что с него хватит и уехал в Европу в отпуск, где предполагал заняться научной работой. Впоследствии он получил должность профессора Иерусалимского университета на отделении международных отношений и арабской культуры.
Таким образом, в результате глупейшего недоразумения один из самых способных, хоть и малоизвестных широкой публике, начальников израильской Военной разведки ушел со своего поста. В Военной разведке ему все время приходилось иметь дело с неприятными последствиями «Сюзанны». Да и в дальнейшем они давали себя знать.
В июле 1959 г, начался закрытый процесс над Франком. Трое судей должны были выяснить, виновен он или нет. Процесс закончился в сентябре 1959 г. Полю Франку и его адвокату постепенно удалось склонить суд к тому, чтобы во внимание была принята его версия о фальсификации материалов по делу.
Мотке Бен-Цур многократно лгал суду, но в конце концов вынужден был признаться в том, что его письмо, в котором была рассказана история приглашения испанского президента Олимпийского комитета посетить Москву, было написано для того, чтобы предостеречь Франка от опасности, грозящей ему в Израиле.
Полковник Ариель Амиад, председатель независимого комитета расследования, созданного армией (в связи с заявлением Франка во время следствия), давая свидетельские показания на суде, заявил, что Бен-Цур в частной с ним беседе подтвердил, что документы были фальсифицированы, но тогда же сказал, что на суде будет это отрицать. Свидетельские показания майора Шломо Милле, который был куратором Франка почти в течение всей операции, оказались еще более сокрушительными. Он рассказал, что открыл папку и произвел опись документов, как это и полагалось делать. Затем эта папка попала к Бен-Цуру. Когда папка вновь оказалась у Милле, он увидел, что ее содержимое изменилось. Она даже была заново переплетена и в ней отсутствовала опись, а также некоторые документы.
В частности, засвидетельствовал Милле, он лично относил в свое время на радиостанцию Израиля отпечатанное на машинке распоряжение начинать вторую серию диверсий в Египте. Его в папке тоже не оказалось.