«После долгого и деликатного допроса, в ходе которого было сообщено о неопровержимых уликах против него, ЛУНАНА, наконец, довели до того, что он заявил, что, возможно, готов помочь канадскому правительству и что он мог бы оказать большую помощь. Он зашел достаточно далеко, чтобы затруднить опровержение, и, если повезет, он сделает заявление завтра».
На следующий день был отправлен еще один меморандум:
«ЛУНАН полностью признался… и полностью обвинил Смита, МАЗЕРАЛЛА и ГАЛЬПЕРИНА.
4 марта 1946 года Комиссия опубликовала промежуточный отчет, в котором были публично указаны имена четырех задержанных: Лунан, Мазералл, Кэтлин Уиллшер и Эмма Уойкин. В тот же день все четверо были освобождены из Рокклиффа, а затем арестованы и предстали перед судом в Оттаве, где каждому из них предъявили два обвинения в нарушении Закона о государственной тайне: в сговоре с целью предоставления информации Советам и в том, что он предоставил эту информацию. Судья решил, что не может выдвигать обвинения в государственной измене, поскольку информация была передана Советскому Союзу, который в то время был союзником Канады. Лунан не признал себя виновным. После предъявления обвинения Лунан был доставлен в тюрьму Оттавы.
Гузенко представил значительное количество доказательств, изобличающих Лунана, и, следовательно, Лунан считался ключевой фигурой в деле Гузенко. Пресса называла его "главой шпионской ячейки" и "мастером-шпионом". Однако в более позднем интервью Мазералл оспорил эти оценки, заявив:
«По какой-то странной причине они придерживались мнения, что Лунан был более закаленным человеком. Я не понимаю, каким он мог бы быть, потому что он не сдался бы так рано в казарме, если бы был опытным человеком».
12 марта Лунан вернулся в суд, чтобы узнать, что ему предъявлено пять дополнительных обвинений в соответствии с Законом о государственной тайне. 14 марта судьей был назначен залог в размере 6000 долларов. Он внес залог на следующий день.
На предварительном слушании 28 марта адвокат Лунана Х.Л. Картрайт попытался поставить под сомнение его признание перед Комиссией, расспросив его об условиях содержания под стражей. Лунан описал условия содержания как "психологическую пытку", сославшись на свою изоляцию, круглосуточное освещение и "крайне мстительное" отношение Харвисона, хотя он не смог назвать каких-либо конкретных случаев физических угроз или запугивания. Однако мировой судья Гленн Страйк отклонил эти доводы, признав показания приемлемыми.
В мае суд над Мазераллом вынес решение, которое послужит прецедентом для других обвиняемых в шпионаже. Председательствующий судья, Джеймс Чалмерс Макруэр, разрешил использовать протоколы заседания Комиссии в качестве доказательства против Мазералла. Он заявил, что незнание закона не является защитой, и утверждал, что обвиняемый мог избежать самообвинения, потребовав защиты в соответствии с Канадским законом о доказательствах. Лунан был вызван для дачи показаний на процессе Мазералла, но отказался; однако Макруэр не обвинил его в неуважении к суду. Тем не менее, 22 мая Мазералл был приговорен к четырем годам тюремного заключения.
Однако в июне Лунану было предъявлено обвинение в неуважении к суду и он был приговорен к трем месяцам лишения свободы за отказ давать показания на процессе Роуза. Он отбывал наказание в тюрьме Бордо в Монреале в ожидании собственного суда.
Суд над Лунаном начался 13 ноября и продлится четыре дня. Его представлял Джозеф Коэн, который также защищал Роуза. Стратегия защиты Коэна была в значительной степени сосредоточена на дискредитации Комиссии и признании показаний Лунана неприемлемыми, аргументируя это тем, что "запугивание, угрозы, обещания и побуждения в юридическом смысле — все это делает его показания неприемлемыми". Он вручил повестки ряду официальных лиц, включая Кинга, Келлока и К. Д. Хоу, министра реконструкции Канады. Однако председательствующий судья А. Гордон Макдугалл признал показания приемлемыми. Коэн также возражал против допроса Гузенко в качестве свидетеля, утверждая, что документы, которые он забрал из посольства, имеют дипломатический иммунитет от суда, но его решение было отклонено.
В пятницу, 15 ноября, после того, как обвинение завершило изложение своей версии, судебный процесс внезапно завершился, когда Коэн заявил, что не будет представлять никаких доказательств защиты. Ни один из вызванных им свидетелей не явился в суд. В следующий понедельник, 18 ноября, Макдугалл признал Лунана виновным в заговоре и приговорил его к пяти годам тюремного заключения в Кингстонской тюрьме. Вынося приговор, он сказал Лунану:
«Лунан, ты образованный и способный человек. В этой стране тебе были предоставлены все возможности, и ты получил королевское звание в канадской армии. Я не могу найти никакого оправдания тому, что вы сделали».
Лунан оставался на свободе до подачи апелляции. Однако Коэн не представлял его интересы в процессе обжалования, поскольку отношения между двумя мужчинами вскоре испортились из-за спора о гонорарах.