Централизованная заправка топливом под давлением избавила наземный технический персонал от многих хлопот (примечательно, что на Су-17 способ заправки остался прежним). Введенная на Су-17М2 централизованная заправка не решила проблем – хотя теперь технику не нужно было заливать топливо через несколько горловин, "своих" для каждой группы баков, а керосин с помощью насосов топливной системы подавался в них от одного приемного узла, сама приемная горловина оставалась открытой и находилась наверху машины. Чтобы добраться к ней, требовалась стремянка и помощь "второго номера" технического экипажа, подававшего наверх тяжелый шланг.
Не обошлось и без недостатков. Неудачным оказался монтаж бортовых аккумуляторов в нише передней стойки шасси. Снимать и ставить их приходилось часто, а добраться в отсек можно было только изнутри, где было не развернуться, к тому же сначала требовалось снять очень неудобную крышку. Позже был организован аккумуляторный люк снаружи в борту, упростивший подход.
Неудобным были подходы к подфюзеляжному держателю, куда,согнувшись, приходилось подтаскивать ПТБ и на корточках заправлять его. Таким же образом приходилось снаряжать пушку, опуская ее вместе с патронным ящиком под фюзеляж с помощью лебедки.
Со стоянки самолеты буксировали тягачами (в их роли выступали АПА, заправщики и прочий подручный автотранспорт), но заталкивать их в укрытия часто приходилось вручную – чтобы точно завести самолет на место, хвостом вперед, требовался ювелирный расчет и навык. МиГ весил без малого на треть больше, чем Су-7, а широкопрофильные колеса с пониженным давлением (казавшиеся "недокачанными") затрудняли перекатку. Чтобы стронуть с места даже незаправленный самолет с массой более 10 тонн, требовались усилия 10-12 человек, а "рулевой" на водиле вообще не мог повернуть носовую стоику стоящего самолета. Только в движении у МиГа-бомбардировщика удавалось развернуть передние колеса.
Двигатели АЛ-21Ф-3 и Р-29Б-300 отличались высоким расходом воздуха (до 105 кг/сек), что предъявляло особые требования к состоянию лопаток компрессора. Их предписывалось регулярно осматривать, для чего в нишах основных стоек МиГ-23БН имелась пара специальных люков, как раз по размеру головы. На практике ими пользовались редко (для открытия люка требовалось отвернуть дюжину тугих винтов), добираясь ко входу в двигатель привычным путем – через воздухозаборник, что требовало известной ловкости (выбираться приходилось ногами вперед, а протискиваясь в тесном канале зимой, приходилось снимать верхнюю одежду). У МиГ-23Б такой способ осмотра вообще был основным, так как входное устройство двигателя АЛ-21Ф-3 находилось в стороне от люков.
Мощные двигатели обеспечили МиГу репутацию "пылесоса", способного втянуть всякий залежавшийся предмет, а то и сорвать шапку и рукавицы, что случалось не однажды. Несколько раз в компрессор всасывало даже чеки с висевших на крыльевых узлах бомб, после чего их стали ставить только с наружной стороны, подальше от воздухозаборника. Однажды произошел исключительный случай, когда у летчика, рулившего с приоткрытым фонарем, из кабины вытянуло секретную карту, тут же нырнувшую в двигатель.
В эксплуатации двигатель АЛ-21Ф-3 отличался крайне малым расходом масла. Удачная конструкция и технологическое исполнение позволяли заправлять его маслосистему не чаще раза в несколько месяцев. В двигателе Р- 29Б-300 использовалось токсичное масло ВНИИНП-50-1-4Ф, едкое при попадании на кожу (оно разъедало даже изоляцию электрожгутов), а его пары были токсичны для дыхания, что было особенно ощутимо после привычных МС-8 и МС-20, которыми даже мыли руки после грязной работы – масла неплохо смягчали кожу! АЛ-21Ф-3 эксплуатировался на синтетическом масле ИМП-10, хорошо служившем и в жару, и в холод. Масло не давало осадка, не коксовалось и впоследствии было введено в качестве унифицированного для обоих двигателей.