К достоинствам АЛ-21Ф-3 относились также удобство подходов к агрегатам, тщательное исполнение всех уплотнений, стыков магистралей и "опрятный" внешний вид. Однако двигатель с "мягкими" титановыми лопатками компрессора был крайне уязвим к попаданию даже мелких камешков и мусора с полосы: из-за малых радиальных зазоров по корпусу они могли привести к поломке, малейшие забоины на лопатках не допускались., и в этом случае двигатель однозначно требовалось снимать и отправлять в ремонт. Р-29Б- 300 был более "терпимым" к попаданию посторонних предметов, без особых последствий пропуская даже мелкий мусор, разлетавшийся на 1-й ступени компрессора и беспрепятственно проскакивавший весь двигатель. После зачистки забоин и вмятин на лопатках, попадавших в разрешенный допуск, двигатель мог служить дальше. Замена двигателя оставалась процедурой грязной, тяжелой и трудоемкой, требовавшей расстыковки самолета, проводки управления, трубопроводов и арматуры его систем (впрочем, то же относилось и к любой другой машине подобной схемы, от МиГ-21 до Су-17). В ходе войсковых испытаний отмечалось, что процедура занимает 175 человеко-часов силами пятерых техников и еще четырех специалистов групп обслуживания по системам. На практике, с учетом занятости техсосотава повседневными делами, замена двигателя на самолете затягивалось на 3-4 рабочих дня.
Помимо 722-го апиб, МиГи-бомбардировщики получил 642-й апиб в Вознесенске (ОдВО). Этот полк был известен тем, что в 1 961 году первым в ВВС освоил новейшие тогда Су-7Б. На базе полка проводились войсковые испытания самолета и после пятнадцатилетней службы машин этого типа полк имел наибольший опыт эксплуатации истребителей-бомбардировщиков Сухого. Предполагалась их замена на Су-17, однако, в конце концов, полк перешел на МиГ-23БН и МиГ-27.
Служба МиГ-23Б и БН в 722-м и 642-м апиб продолжалась недолго. С 1975 года на смену им стали поступать новые МиГ-27, а прежние машины полки сдавали в части на востоке страны. В других объединениях советских ВВС ими были оснащены 129-й апиб в Талды-Кургане (САВО) и 58-й апиб в Степи (ЗабВО). Полк в Степи принял эстафету у 722-го апиб весной 1975 года, когда в него перегнали МиГ-23Б из Смуравьево, одновременно пополнив десятком новеньких МиГ-27 с завода. В течение десятилетия 58-й апиб летал смешанным составом на МиГ-27 и МиГ-23Б. В середине 80-х в полку первая эскадрилья летала на МиГ-27Д, а вторая на МиГ-23Б. Самолет не доставлял особых хлопот летному и техсоставу. Двигатель был слегка капризен при запуске в жаркую погоду, а грязезащитный щиток на носовой стойке в ходе эксплуатации был снят со всех машин, поскольку выяснилось, что вопреки ожиданиям, он лишь усиливал подьем грязи и увеличивал шансы на попадание ее в воздухозаборник двигателя (по той же причине лишились щитка и большинство МиГов- истребителей). За последние годы эксплуатации имело место одно летное происшествие на Миг-23Б – невыход носовой стойки шасси при заходе на посадку. После длительной эксплуатации в механизме закрытия створок появились большие люфты, своевременно не выявленные. При уборке шасси одна из створок "провалилась", а при попытке выпуска шасси она заклинилась. Летчик эволюциями самолета пытался вытолкнуть стойку, но безуспешно. В такой ситуации, по инструкции, необходимо было, убрав основные "ноги", садиться на брюхо. Однако летчик поступил иначе и, в нарушение рекомендаций, посадил машину на две ноги. Самолет получил небольшие вмятины на брюхе и на следующий день уже был в строю.
В эксплуатации первые МиГи-бомбардировщики заслужили хорошую репутацию и положительные отзывы летчиков и техников, уважительно относившихся к "ладно скроенному" и надежному самолету. Служба "бэшек" в полку продолжалась до 1986 года, когда самолеты стали списывать и передавать на местную базу хранения, заменяя МиГ-27М и МиГ-27Д. В 1988 г. эксплуатация всех МиГ-23Б и БН в ВВС была прекращена.