В начале эксплуатации ощущалась нехватка запчастей, поставки которых не были налажены агрегатными заводами. Это приводило к простаиванию машин, иногда с нелетающих снимали агрегаты и оборудование для обеспечения боеготовности оставшихся в строю самолетов. Нередко при этом обнаруживалась слабая взаимозаменяемость и "индивидуальность" узлов, особенно по оборудованию: отлаженные и настроенные блоки с одного самолета отказывали на чужом "борту", ПрНК начинал сбоить и специалисты сбивались с ног, пытаясь заставить комплекс работать. Надежность и безотказность ПрНК при этом оставляла желать лучшего, к работе в "автомате" были готовы, в лучшем случае, несколько самолетов в эскадрилье, а очередные доработки не всегда положительно сказывались не то что на повышении точностных характеристик, но и на самой работоспособности комплекса. Проблем прибыло с поступлением "Кайр", более сложных и требовательных в работе и обслуживании. В полках часто доходило до того, что самолеты с "хорошим характером" берегли, избегая лишнего вмешательства в работу аппаратуры, не сажая в кабину кого попало и доверяя "золотой фонд" наиболее знающим летчикам. На них выполняли полеты при проверках и учениях, зарабатывая хорошие зачетные оценки за пораженные "в автомате" цели (как гласил популярный тогда в частях лозунг: "Каждую бомбу, ракету, снаряд – в цель!")
Неудобным было и расположение на новых модификациях машины одной из панелей АЗС на стенке за спиной летчика. Необходимо было тщательно проверять их положение до посадки летчика в кабину, в полете дотянуться до них было невозможно. Как правило, всегда отключалась KB радиостанция дальней связи Р-864 – единственный агрегат, требующий заправки в бачок на киле спирта и потому являющийся предметом крайне «трогательной» заботы.
Общее отношение к МиГ-27 было уважительным – самолет показал себя машиной, отлично подходившей для отведенных ему задач. Требованиям наилучшим образом отвечали и компоновка, и вооружение, и оборудование.
Особую признательность вызывал отличный обзор, способствовавший простоте ориентирования и поиска целей: даже для взгляда вниз хватало небольшого крена (на МиГ-21 и Су-7, кроме носа, ничего толком видно не было и, чтобы осмотреться, летчики иногда выполняли полубочку, переворачивая самолет).
Новая машина привлекала летчиков простотой пилотирования, маневренными качествами и хорошей динамикой – самолет, вдвое более тяжелый, чем МиГ-21, стремительно уходил в небо сразу после отрыва и энергично набирал высоту. Заправленный "под пробку" МиГ-27 даже с двумя тоннами бомб через 2,5 минуты после начала разбега оказывался на высоте 3000 м. С освоением ПрНК и боевого применения стала очевидной и возросшая "на голову" эффективность – в вылетах на полигоны и первых же учениях ощущалось, что МиГ-27 – действительно машина нового поколения и по возможностям, и по боевой отдаче. Вместе с тем кое-где не обошлось без проблем психологического характера: встречались случаи проявления недоверия к КИГ – после рассказов летчиков, натерпевшихся на ранних модификациях МиГ-23 с их склонностью к сваливанию, строгостью на взлете и посадке ("словно на острие иглы"), сопровождавшимися изрядной аварийностью, некоторые опасались полетов с убранным крылом, полагая, что при стреловидности 72° самолет держаться в воздухе толком не может.
Надо сказать, что МиГ-27 в такой конфигурации действительно имел особенности в пилотировании и ограничения: следовало избегать скольжения, на которое самолет отвечал энергичным кренением (в этом случае вообще рекомендовалось прекратить задание и идти на посадку); при сложенном крыле маневры с выходом на большие углы атаки требовали особого внимания – сваливание наступало внезапно с быстрым переходом самолета в штопор; полеты с подфюзеляжным баком при сложенном крыле вообще запрещались, так как его подвеска недопустимо ухудшала путевую устойчивость, самолет слишком энергично реагировал на дачи педалей и легко валился на крыло; отключение демпфирования САУ в полете с бомбовой или ракетной подвеской на передних узлах могло вызвать самопроизвольную раскачку с крыла на крыло.