Практически не возникало сложностей у летчиков, переучивавшихся с МиГ-23Б и БН: после сдачи зачетов по матчасти и теории пилотирования, вся процедура ограничивалась полетом по кругу на МиГ-27, а затем вылетом в зону на простой пилотаж и полет по маршруту, после чего они автоматически получали допуск по всем видам уже имевшейся подготовки на предыдущем типе. Направлять на переучивание летный и техсостав с близкого по типу МиГ- 23М (что, на первый взгляд, казалось привлекательным – летчики и техники с опытом эксплуатации МиГ-23 легче и быстрее всего освоили бы МиГи-бомбардировщики) не представлялось возможным – до поры до времени все полки на "чистых" МиГ-23 входили в структуру ИА и забирать из них истребителей не было смысла. "Пересаживаться" с МиГ-23 на МиГ-27 приходилось только вчерашним курсантам, выпускавшимся из училищ на "двадцать третьих" и попадавшим в ИБА. В самих Ейском и Борисоглебском ВВАУЛ,специализировавшихся на подготовке летчиков ИБА, летное обучение на МиГ-27 не проводилось.
В пилотировании МиГ-27 несколько отличался от МиГ-23. Основным "визуальным" фактором было отсутствие объемистого носа с торчащей ПВД, по которой обычно ориентировались летчики (ПВД и на рулении, и в полете служил "указкой" положения машины), из-за чего на МиГ-27 приходилось вырабатывать новые навыки. Если истребитель взлетал сразу после отрыва переднего колеса, практически без разбега на двух колесах, то у МиГ-27 взлет стал немного продолжительнее, с разгоном на основных колесах при поднятой передней стойке и контролем за взлетным углом атаки по указателю на козырьке фонаря. Отрыв происходил на скорости 300-330 км/ч, в зависимости от нагрузки.
Некоторые ограничения накладывали нерегулируемые воздухозаборники. Выход на сверхзвук выполнялся на большой высоте, порядка 9-11 км, с выходом на него на "максимале" двигателя с последующим включением форсажа и одновременной плавной уборкой крыла до 72° по мере роста скорости. Разгон на сверхзвуке шел медленнее, даже при включении раскрутки двигателя с дополнительным ростом оборотов при выходе на М = 1,15, причем при этом в кабине стоял сильный гул потока в воздушных каналах из-за ложившихся скачков уплотнения от воздухозаборников. Двигатель Р29Б-300 требовал внимания в управлении, не допуская резких движений РУД на большей высоте, а для обеспечения запаса газодинамической устойчивости в его управлении имелась блокировка по скорости выше числа М=0,9, когда отключить режим "максимал" РУДом было нельзя – для этого сначала следовало погасить скорость. Впрочем, скоростные и высотные режимы не были определяющими для ударного самолета.
Полному раскрытию возможностей МиГ-27 изрядно мешали то и дело накладывавшиеся ограничения, сужавшие как диапазон характеристик, так и режимов полета. Если обычной практикой является расширение возможностей и характеристик боевой машины, то, в силу возобладавшей тогда позиции руководства ВВС, по мере службы МиГ-27 препоны и ограничения только нарастали. Часть их диктовалась проявлениями конструктивных дефектов и носила временной характер, до их устранения (но, как известно, нет ничего длительнее временных мер), другие вводились под благим поводом повышения безопасности полетов, в том виде, как оно велось в 70-80-е годы, когда происшествие или предпосылка влекли за собой запреты на выполнение фигур пилотажа, режимов и упражнений. Летчики по этому поводу саркастически замечали, что не только аварий, но и самой их возможности можно будет напрочь избежать, разом отменив сами полеты.