С 19 по 21 июля 1948 г. под руководством генерал-полковника авиации Науменко были проведены опытные учения 2-й эскадрильи, вооруженной истребителями Як-15, в ходе которых отрабатывались способы и методы уничтожения морских подвижных целей бомбардировщиками и штурмовиками во взаимодействии с реактивными истребителями.
Практическое переучивание на МиГ-9 началось 12 февраля 1948 г., полеты выполнялись с аэродрома Повунден, так как полосу базового аэродрома Зидлунг требовалось удлинить под новую матчасть. К 24 апреля 1948 г. на МиГ-9 самостоятельно вылетели 50 летчиков. По окончании реконструкции аэродрома Зидлунг полк вернулся к месту постоянного базирования. Первые полет на МиГ-9 в Зидлунге были выполнены 7 июня 1948 г. Личный состав приступил к полетам на боевое применение МиГ-9, параллельно летая на Як-15 и Р-39. В течение июля-августа 1948 г. было получено 42 истребителя МиГ-9. 8 августа 1948 г. все поршневые самолеты были сданы в 1-й гв. иап и в ВВС 4-го ВМФ, а реактивные Яки-15 переданы в 72-й гв. иап.
17 августа 1948 г. 28-й гв. иап получил приказ о перебазировании на аэродром Мигалово (г. Калинин, ныне Тверь). Полк по-прежнему входил в состав 5-й гв. иад. Подготовка к перебазированию началась 27 августа 1948 г. Истребители перевозили в Калинин по железной дороге. Перебазирование осуществлялось в период с 9 по 19 сентября 1948 г. 23 сентября технический состав приступил к сборке истребителей, а летчики начали осваивать новый район полетов, летая на поршневых самолетах, для чего полк временно получил три «Кобры» и одну двухместную «Кингкобру». Сборка МиГов была завершена к концу октября 1948 г. С 1 октября 1948 г. полк приступил к летной работе на МиГ- 9 с аэродрома Мигалово и заступил на боевое дежурство звеньями в составе ПВО Москвы. На несколько десятилетий 28-й гв. иап стал полком ПВО.
Суммарный налет летчиков полка в 1948 г. составил 1978 ч 20 мин. По типам самолетов налет распределялся следующим образом:
Самолетный парк 28-го гв. иап на январь 1948 г.
МиГ-9 8
Як-15 11
Р-39 28
УР-63 3
Як-9 5
АТ-6 1
Первенцы советской реактивной истребительной авиации не долго задержались на вооружении 28-го гв. иап. Уже в ноябре 1949 г. полк сдал самолеты МиГ-9 в 328-ю иад ПВО и приступил к освоению истребителя МиГ-15.
С 22 июня 1950 г. по 29 октября 1951 г. полк находился в «Правительственной командировке», что в переводе с языка советского официоза означает участие в Корейской войне. В Корее летчики 28-го гв. иап сбили 59 американских самолетов, собственные потери составили три истребителя МиГ- 15, потерь в людях полк не понес.
Из Кореи полк вернулся на новый аэродром базирования – в Клин.
Как во многих полках ИА ПВО, на вооружении 28-го гв. иап состояли МиГ-17-е двух модификаций – «Ф» и «ПФ»; МиГ-17 полк освоил в 1954 г.
В 1957 г. личный состав полка переучился на сверхзвуковые МиГ-19. До конца года к перехватам на истребителе МиГ-19 на высотах до 17000 м было подготовлено шесть летчиков, на высотах до 18000 – два летчика, к ночным перехватам – четыре пилота. Общий налет за год составил 2795 ч, в том числе 342 ч в стратосфере.
До 1967 г. в полку одновременно состояли на вооружении истребители МиГ-17 и МиГ-19. На МиГ-17-х отрабатывались задачи перехвата на малых высотах, на МиГ-19 – в стратосфере.
В 1957 г. полк перебазировался из Клина в Калининскую область на вновь построенный аэродром авиации ПВО в поселке Андреаполь (с 1967 г. город Андреаполь); в Андреаполе полк базируется и поныне. В мае 1958 г. в Клину была расформирована 5-я гвардейская истребительная авиационная дивизия, в состав которой полк входил с момента ее формирования.
В августе 1960 г. в связи с расформированием 1 7-й иад полк стал подчиняться непосредственно штабу 2-го корпуса ПВО Московского округа ПВО.