В 1982 г. полк переучивался на истребитель МиГ-23. Практическое освоение нового типа летным составом началось в августе на аэродроме Смоленск, инженерно-технический состав изучал МиГ-23 на предприятиях МАП. Первым на МиГ-23 самостоятельно вылетели командир полка гв. подполковник В.М. Бобриков и командир 1-й эскадрильи гв. подполковник В.И. Спыщенко. В феврале 1983 г. на полигоне в Крас.новодске летчики полка впервые выполнили практические пуски ракет с истребителей МиГ-23, оценка – «хорошо». Несколько истребителей МиГ-23 стали именными – их назвали в честь однополчан – Героев Советского Союза. Ныне эта традиция продолжена в именных МиГ-29.
В 1984 г. аэродром Андреаполь был поставлен на реконструкцию, полк на период ремонта базировался во Ржеве. 16 сентября 1986 г. в воздухе столкнулись два МиГ-23, погиб заместитель командира 2-й эскадрильи гв. майор Е.Ю. Бовырин, командир звена 2-й АЭ гв. капитан В.Н. Гусько катапультировался из неуправляемого истребителя. Один разбившийся 23-й до сих пор лежит в траве прямо рядом с полосой аэродрома Андреаполь.
В 1991 г. полк перебазировался в Сарышаган для выполнения боевых стрельб в составе соединения. В процессе перебазирования гв. майор Ю.В. Борзов и гв. капитан А.В. Невольников произвели посадку в Йошкар-Оле в СМУ при минимальном остатке топлива и при неработающих аэродромных средствах радиотехнического обеспечения посадки. На полигоне Сарышаган выполнялись пуски ракет по мишеням ПМ-6 (34 пуска днем и 17 ночью) и Ла-17 (один днем и два ночью). При пуске ракеты по мишени ПМ-6 остановился двигатель на МиГ-23 заместителя командира эскадрильи гв. подполковника Н.П. Ивкина. Летчик сумел запустить двигатель в воздухе и благополучно посадить самолет. То были пока крайние учения такого масштаба, в которых принимал участие 28-й гв. иап.
До марта 1994 г. полк нес боевое дежурство на истребителях МиГ-23П. Последние полеты в составе ИА ПВО на истребителях МиГ-23 летчики полка выполнили 11 марта. В феврале-марте все 23-и перегнали на базы хранения. Последний МиГ-23П перегнал 23 марта заместитель командира эскадрильи гв. майор Е.И. Замахов.
Исход наших войск из Восточной Европы принято называть «выводом». На самом деле то было бегство по приказу. Ломались судьбы тысяч людей, гробилась техника… Одной из «точек», куда выводили авиационные части из Германии стал Андреаполь.
Вывод авиационных частей Западной группы войск в Андреаполь начался в январе 1994 г. Личный состав и техника перебрасывались из Германии ж.д. транспортом и по воздуху. Было принято девять ж.д. эшелонов и выполнен
31 рейс самолетами ВТА: Ан-22 – 3 рейса, Ан-12 – 5, Ил-76 – 22, Ан-26 – 1. 21 марта перебазировано восемь самолетов МиГ-29 и два МиГ-29УБ с аэродрома Дамгартен (733-й иап), 10 апреля из Дамгартена и Виттштока (33-й иап) перелетели остальные МиГи. Всего Андреаполь принял 49 боевых МиГ-29 и семь спарок МиГ-29УБ. Личный состав и семьи разместили в казармах и на частных квартирах. В Андреаполе оказалось сразу три авиационных полка, остаться должен только один! Немаловажный вопрос: какой номер будет у нового «старого» полка. Все три – заслуженные… Ветераны-фронтовики 28-гс гв. иап обратились с ходатайством в министерство обороны, в главкомат ВВС. К мнению ветеранов прислушались: часть, сформированная на базе 28-го, 773-го и 33-го полков, стала именоваться «28-й гвардейский истребительный авиационный Ленинградский ордена Кутузова III полк». С точки зрения наименования полка в Андреаполе ничего не изменилось. Зато изменился сам город Андреаполь. Для личного состава выведенных из Германии полков немцы возвели великолепный жилой городок, один из лучших городков такого рода. Квартирный вопрос удалось решить за два года.
1 июня 1994 полк приступил к наземной подготовке, о с 10 июня – к полетам на истребителях МиГ-29. Со 2 по 8 сентября было проведено ЛТУ полка с перебазированием на аэродром Мончегорск. В ходе учения над акваторией Баренцева моря выполнялись пуски ракет по мишеням ПМ-6. С 10 сентября полк приступил к несению боевого дежурства в составе ПВО Москвы.