В марте 2000 г. 1-я эскадрилья перелетела из Халино на аэродром Дорохово, откуда выполнила практические пуски ракет Р-60 (десять пусков) по мишеням ПМ-6 на полигоне Ладога. Март получился «удачным» на перелеты – Халино-Дорохово, Дорохово- Халино, Халино-Андреаполь. Перелеты выполнялись колонной самолетов на минутном интервале. Один этот факт говорит о многом. В истребительной авиации принято (было) летать если не эскадрильей, то звеньями или хотя бы парами и отнюдь не на минутном интервале… Минутный интервал – это для ВТА. Складывается впечатление, что в 1999-2000 гг. отечественные ВВС достигли низшей точки падения. Лейтенанты, выпускники авиационных училищ, годами в строевых частях не поднимались в небо. С 2000 г. пусть медленно, ни шатко ни валко, но ситуация начала потихоньку выправляться. С 5 по 7 апреля 2000 г. полк принимал участие в командно-штабных учениях по плану ГК ВВС на тему поиска, обнаружения и условного уничтожения воздушных судов, нарушивших Государственную границу РФ с республикой Беларусь. В ходе учений выполнено три подъема экипажей, все цели условно уничтожены. С 14 апреля полк заступил на несение боевого дежурства двумя экипажами в боевой готовности на аэродроме Андреаполь. 6-8 июня 2000 г. проводилась командно-штабная тренировка по плану командующего Московским округом ВВС и ПВО по поиску, обнаружению и условному уничтожению воздушных судов, нарушивших Государственную границу РФ. Выполнено пять подъемов, все цели условно уничтожены. Подъемы дежурных сил по тревоге стали проводится достаточно регулярно. 25 января 2001 г. выполнен подъем по тревоге самолета (пилот гв. майор С.А. Кабанов) из состава дежурных сил с посадкой на аэродроме Кубинка. 3 апреля 2001 г. для перехвата контрольной цели были подняты экипажи гв. майора И.А. Притуляк и гв. майора Ю.Ю. Полякова из состава дежурных сил с посадкой на аэродроме базирования, в Андреаполе. До осени дежурные силы 28-го полка выполнили еще шесть подъемов на перехват контрольных целей. С 11 по 13 сентября 2001 г. в боевую готовность в связи с угрозой террористической опасности (взрыв Торгового центра в Нью-Йорке) была переведена вся 1-я эскадрилья.
С 22 по 25 января 2002 полк вместе с частями обеспечения принимал участие в командно-штабной тренировке по плану командующего Московским округом ВВС и ПВО, выполняя задачу по отражению налета воздушного противника. Выполнено пять самолето-вылетов на перехват контрольных целей. 9 апреля состоялась КШТ по плану ГК ВВС, выполнено четыре подъема истребителей из состава дежурных сил для работы по условным нарушителями Госграницы РФ с республикой Беларусь. С 26 по 30 августа проводились учения 16-й воздушной армии, летчики полка отрабатывали задачи прикрытия сухопутных войск от ударов с воздуха с выполнением практических пусков ракет на полигоне. Пуски ракет выполнили 13 пилотов, девять из них пустили ракеты впервые в жизни.
В 2002 г. в историческом формуляре полка сделана печальная запись: «Невозможность полномасштабного проведения мероприятий боевой учебы и особенно полетов из-за недостатка топлива и запасных частей к авиационной технике». Сегодня дела обстоят лучше. Есть керосин, однако остаются проблемы с матчастью. Пока в Москве обсуждается светлое будущее ВВС в виде истребителя 5-го поколения, в строевых частях рады каждому просто капитально отремонтированному (не модернизированному!) самолету. А пятое поколение… Оно, конечно, здорово, когда заключаются миллиардные контракты на поставку истребителей Индии, Китаю, Малайзии, Венесуэлле. Только в России тоже есть ВВС. Иногда кажется, что далеко не все про это помнят.
В период с 18 по 27 марта 2003 г. проходили летно-тактические учения 1-й эскадрильи по отражению массированных ударов авиации противника. Было выполнено 15 успешных перехватов условных целей. 17 июля МиГи из Андреаполя сами выполняли роль целей, «подыгрывая» Су-27-м из
611-го полка. 17-21 апреля 2004 г. состоялись КШУ КСпН. 28-й полк вместе с другими частями 16-й армии «воевал» с 32-м корпусом ПВО, прикрывая Су- 24 из 455-го бап. Поставленные задачи летчики из Андреаполя выполнили успешно, хотя у коллег из Дорохова и Хо- тилова на этот счет есть свое, особое, мнение. «Войны» 16-й армии с 32-м корпусом ПВО – больная (и любимая!) тема…