«В 1993 г. боевая подготовка полка проводилась в сложных условиях реорганизации Вооруженных Сил РФ, перестройки экономики на новые отношения, сложной внутриполитической обстановке в стране», – данная запись в историческом формуляре части вполне может считаться типовой для всех полков и не только для 1993 г., когда она была сделана. Нам повезло жить в «эпоху перемен» – сомнительное, надо сказать, везение. Вертолетчики в 1993 г. даже в условиях «перестройки экономических отношений», отчего ощущался хронический недостаток ГСМ и запасных частей, смогли провести учение с перебазированием на полигон Дорогобуж и боевым применением.
В 1994 г. после длительного перерыва на полигоне были выполнены практические пуски ПТУР, а личный состав приступил к реальной демонстрации своей готовности к выполнению задач по предназначению: часть личного состава принимала участие в выполнении боевых задач в составе миротворческих сил в Молдове и Таджикистане. В Таджикистан «ограниченный контингент полка» командировался дважды: в период с ноября 1995 г. по май 1996 г. под командованием подполковника Н.Г. Рачицкого и с мая 1997 г. по ноябрь 1997 г. под командованием подполковника В.П. Щеглова.
Многие вертолетчики полка прошли боевое крещение еще в советское время в Афганистане. В 1985 г. по плану «Эстафета» была подготовлена к отправке в ДРА 3-я вертолётная эскадрилья на вертолетах Ми-8 под командованием подполковника Д.Ю. Шарафиева. В 1987 г. подготовлена к отправке в ДРА 1-ая вертолётная эскадрилья под командованием майора В.Е. Богунова. Более 70% в/сл., служивших в полку, прошли через пекло Афганистана, в 1988 г. в полку проходило службу 140 офицеров и прапорщиков с афганским опытом, в том числе 71 летчик.
Войны во Вьетнаме и Афганистане с авиационной точки зрения были, прежде всего, вертолетными. Такой же войной стала «контртеррористическая операция» на территории Чеченской республики.
Согласно распоряжения Генерального штаба Вооруженных Сил Российской Федерации, 336-й отдельный боевой вертолетный полк с 5 января по 14 февраля 1995 г. выполнял боевые задачи по ликвидации бандформирований в Республике Чечня. В боевых действиях принимало участие 22 экипажа на вертолетах Ми-24 и 11 экипажей на вертолетах Ми-8. Группа была разделена на две части. Первая базировалась в Моздоке.. Вторая базировалась в Бес- лане. Личный состав выполнял задачи по нанесению ударов по наземным целям; перевозке грузов, личного состава и раненых; десантированию войск; сопровождению автоколонн, колонн бронетехники при совершение маршей; высадке и эвакуации спецгрупп; выполнению воздушной разведки; выполнению поисково-спасательного обеспечения боевых действий авиации.
В быстроменяющейся сложной боевой и метеорологической обстановке, при отсутствии отдельных элементов спецоборудования и документации личный состав проявил высокие специальные, боевые и моральные качества, которые позволили с честью выполнить все поставленные боевые задачи. За период с 5 января по 14 февраля 1995 г. было выполнено 1513 полетов с общим налетом 1015 ч, перевезено 71 т груза, 3180 человек, в том числе 773 раненых, уничтожены один вертолет, автобаза боевиков, шесть ЗСУ, три ЗГУ, три пулемета ДШК, 13 огневых точек, пять укрытий техники, три склада боеприпасов, два минометных расчета, два склада ГСМ, один командный пункт.
Полк при этом потерь не понес, лишь один человек получил ранение. При выполнении боевого задания был потерян один вертолет Ми-24. Экипаж сбитого вертолета вывез из-под огня другой Ми-24.
Боевые задания выполнялись, главным образом, звеном и парой в плотных боевых порядках и на высоких скоростях. Чаще всего огнем с земли поражались вертолеты ведомых, так как прицеливание осуществлялось по ведущему, а пули или снаряды попадали уже в ведомого. «Сжатие» боевого порядка, равно как и высокая скорость, способствовали снижению вероятности попадания. Полеты на поиск и спасение выполнялись тройками – «спасатель» Ми-8 и пара Ми-24 прикрытия. Пока «восьмерка» забирала людей, «крокодилы» кружили вокруг на предельной малой высоте, при необходимости открывая огонь. Впечатляющее «шоу», имитирующее подобную поисково-спасательную операцию устроили вертолетчики 45-го полка в августе 2007 г. в Ханкале по случаю Дня Авиации.
В 1999 г. часть полка была переброшена в Дагестан – началась «вторая Чечня».
В августе 1999 г. экипаж вертолета Ми-8, пилотируемый заместителем командира полка подполковником С.А. Левашовым, выполнял полет по высадке тактического десанта на высоту 1622 (гора Аликен). В полете по вертолету внезапно был открыт огонь из крупнокалиберного пулемета и стрелкового оружия группой боевиков. Вертолет получил сильные повреждения остекления кабины и фюзеляжа, тем не менее подполковник Левашов принял решение выполнить поставленную задачу. Подходы к площадке десантирования были ограничены.