Одной из неприятностей стала авария 24 февраля 1941 г., когда произошла поломка фюзеляжа. Для ремонта прототип временно вернули в Хэтфилд, где установили новый фюзеляж. 3 мая 1941 г. самолет возвратился в Боскомб-Даун; теперь желтый верх был закрашен стандартным зелено-коричневым камуфляжем, а на борту значился номер W4050. При весе 7612 кг в ААЕЕ определили скорость «Москито» в 624 км/ч на высоте в 7000 м. Значительно более высокие скорости на той же машине были получены перед концом 1942 г. после установки моторов «Мерлин» 61 с двухступенчатым двухскоростным нагнетателем, а затем «Мерлин» 77, и увеличения размаха крыла. В таком виде W4050 фактически достиг 703 км/ч в горизонтальном полете и забрался на высоту 11500 м.
В сентябре 1941 г. в виде бомбардировщика был собран восьмой «Москито», заложенный первоначально как разведчик типа PR Mkl. Этот самолет прибыл в ААЕЕ в Боскомб-Даун 27 сентября. За ним 18 октября туда же последовал первый из девяти серийных бомбардировщиков B.Mk.IVSrs.l (известных также как "переходный разведчик-бомбардировщик", поскольку первоначально заказывали разведчики, а завершили их как бомбардировщики). Обозначение Srs.l (серия 1) показывало, что самолеты имеют первоначальные короткие мотогондолы. Все более поздние самолеты имели удлиненные гондолы, введенные для противодействия бафтингу. Оставшиеся B.Mk.IV считались серией 2 (Srs.2) и кроме удлиненных мотогондол имели два подкрыльных подвесных гладко прилегающих бака по 227 л.
Первоначальные бомбардировочные варианты «Москито» были оснащены моторами «Мерлин» 21 и «Мерлин» 23, и могли нести на внутренней подвеске две бомбы по 454 кг или четыре по 227 кг. Перед концом 1941 г. прототип бомбардировщика был использован для испытания подкрыльных пилонов, которые сперва были рассчитаны на одну бомбу в 227 кг под каждым крылом. Такой вариант в серии должен был называться B.Mk. V, но серийного производства не было, хотя модифицированный прототип иногда упоминался под этой маркой.
Всего было выпущено 300 «Москито» IV Srs 2. Поставка их началась в апреле 1942 г. Надо указать, что девять из них были собраны в других модификациях, а 27 были позднее переделаны в разведчики.
В качестве первой части, подлежащей перевооружению на бомбардировщики «Москито», была выбрана 105-я эскадрилья. Но необходимость удовлетворять потребности истребительных и фоторазведывательных частей привела к тому, что поставка машин поначалу осуществлялась очень медленно. С 15 ноября 1941 г. по середину мая 1942 г. прибыли только девять B.Mk.IV Srs.l, использовавшиеся для переучивания экипажей и ознакомительных полетов. Первые самолеты серии 2 поступили в эскадрилью в середине мая, когда она располагалась в Хоршэм-Сент-Фэнсе (сейчас аэропорт Норвича). Однако четыре Srs.l были использованы при первых боевых вылетах. 31 мая самолеты поодиночке с интервалами нанесли удар по Кельну; это было непосредственно перед первым рейдом тысячи бомбардировщиков на этот город. Первые операции не принесли заметных успехов – частично из-за «младенческих болезней» первых серийных самолетов, а в большей степени из-за необходимости отработать лучшую тактику их применения.
Во время первых боевых вылетов 105-я эскадрилья попробовала наносить удары с больших и малых высот, а также с пологого пикирования. Например, 19 сентября 1942 г. был совершен дневной высотный налет на Берлин – первый за войну. Отправлено было шесть «Москито», но только два достигли Берлина. При этом один из них пошел на запасную цель – Гамбург, так как Берлин был закрыт облачностью.
Хотя «Москито» был самым быстроходным из применявшихся на фронте самолетов, его перевес в скорости над Fw190 был не столь велик, чтобы избежать перехвата, в частности, при полетах на большой высоте. Несколько самолетов 105-й были сбиты немецкими истребителями. К концу ноября 1942 г. 105-я эскадрилья потеряла 24 самолета за 282 вылета – доля потерь была больше, чем при ночных операциях Бомбардировочного командования.
Вторая бомбардировочная эскадрилья на «Москито», 139-я, стала боеспособной в ноябре. Несколько месяцев эти две эскадрильи, входившие во 2-ю группу, специализировались на точечных ударах, особенно с малых высот на рассвете или в сумерках. Цели для них подбирались специально. Эти операции закончились, когда 2-я группа вошла 1 июня 1943 г. во 2-е тактические ВВС. Две эскадрильи «Москито» были переведены в 8-ю группу, которая затем стала Соединением целеуказания Бомбардировочного командования.
К концу мая 105-я эскадрилья совершила 524 вылета и потеряла 35 самолетов, а 139-я соответственно 202 и 13. В качестве части Соединения эти две эскадрильи начали осваивать свою новую роль с начала июня. Затем к ним присоединилась 109-я эскадрилья, получившая B.Mk. IV в июле-августе 1942 г. и осваивавшая навигационную систему «Гобой».