Совершенствование и производство «Москито» в этот период, конечно же, не останавливалось. Выпуск (всех модификаций) в сентябре 1942 г. достиг 250 машин, в октябре – 346. К головному заводу в Хэтфилде добавились предприятия в Лэвсдене (где делали только истребители), относившиеся к «теневому» объединению, известному как Вторая авиационная группа, обеспечивавшиеся различными деталями от субподрядчиков. К этому времени в Хэтфилде и Лэвсдене было заказано, в общей сложности, 2384 «Москито»; еще 1500 собирались получить из Канады и от фирмы «Стандард моторе», которая должна была стать третьим поставщиков таких самолетов в Англии, получив первый заказ на 500 штук. Позднее к производству бомбардировщиков подключилась «Персиваль эйркрафт»; дополнительные сборочные линии были сооружены фирмой «Эйрспид» в Портсмуте и на заводе «Де Хевилленд» в Честере.
Совершенствование бомбардировщиков шло главным образом по линии повышения бомбовой нагрузки и усовершенствования силовой установки. Как уже говорилось, первый из 10 первых серийных бомбардировщиков был использован как опытная машина с установкой крыльевых бомбодержателей вместо стандартных подвесных баков по 227 л, стоявших на B.Mk.IV Srs2. Эта работа привела к созданию универсального крыла, под которое можно было подвешивать баки по 454 л или две бомбы по 227 кг. Дополнительный вес, связанный с такой нагрузкой, требовал увеличения мощности двигателей. Установка «Мерлинов» с двухступенчатыми нагнетателями обещала и прирост мощности, и, что не менее важно, повышение рабочего потолка. Это могло бы обезопасить «Москито» со стороны все усиливающейся ПВО Германии. Первоначальный прототип «Москито» с «Мерлинами» 61 впервые взлетел 20 июня 1942 г. Это было первой ступенькой к внедрению новых двигателей. Внешне новые самолеты отличались дополнительными воздухозаборниками под коком винта.
Прототип новой модификации бомбардировщика (без обозначения модели) взлетел 8 августа 1942 г. Он был первым, имевшим герметизированную кабину, позволявшую «Москито» забраться на высоту 12200 м. В октябре на первом прототипе заменили «Мерлин» 61 на «Мерлин» 77. В конце года на этой машине достигли 703 км/ч, что, видимо, является наивысшей скоростью для «Москито» и, вероятно, самой высокой скоростью, полученной на боевом винтовом самолете, взлетевшем до конца 1942 г.
В две стадии было внесено значительное количество усовершенствований. Первым из серийных бомбардировщиков такого типа стал B.Mk.IX, совершивший первый полет 24 марта 1943 г. «Москито» IX, выпускавшийся также в варианте разведчика (PR), отличался новым универсальным крылом и моторами «Мерлин» 72/73. Максимальная мощность последних была 1680 л.с. на высоте 2600 м и 1460 л.с. на 6400 м Позднее появились «Мерлин» 76/77 с мощностью 1710 л.с. на 3500 м и 1475 л.с. на 7000 м. На этих моторах имелся привод для нагнетателя воздуха в кабину, однако, гермокабина для B.Mk.IX не была разработана вовремя. Ее внедрение было связано с модификацией B.Mk.XVI, упомянутой далее. Самолетов B.Mk.IX выпустили всего 54 штуки.
При шести бомбах по 227 кг и 2430 л горючего во внутренних баках «Москито» B.Mk.IX" весил 10440 кг; позднее его вес возрос до 11350 кг из-за установки дополнительного оборудования. Поставка В Mk.IX началась в апреле 1943 г., сперва их получила 109-я эскадрилья, затем 139-я и 105-я. Самолеты 109-й, также как и их прежние B.Mk.IV, были оснащены системой «Гобой» – радиосистемой, позволявшей самолету следовать по радиолучу до точки бомбометания (по сигналу двух наземных станций) без навигации по наземным ориентирам и обеспечивающей хорошую точность. Начав с ночи с 20 на 21 декабря 1942 г., «Москито»-целеуказатели из 8-й группы играли все более важную роль в маркировке целей для основного соединения бомбардировщиков. К 109-й присоединилась 105-я, также получившая B.Mk.IX после перевода из 2-й группы в 8-ю в середине 1943 г. Летая поодиночке ночью на высоте до 9150 м, «Москито»-целеуказатели были практически недоступны для перехвата. За более чем 750 вылетов, совершенных до конца 1943 г. две эскадрильи потеряли всего три самолета (то есть 0,4% состава). Перед концом года части, имевшие «Гобой», стали действовать еще более эффективно, постепенно сменив «Москито» B.Mk.IX на B.Mk. XVI.