Первоначально в задании на проектирование Sk 35С оговаривалась возможность конверсии учебно-тренировочного варианта в одноместный истребитель, но вскоре от этой идеи отказались, прежде всего, по экономическим соображениям. Вместо этого было признано целесообразным изготавливать "спарки" на базе раннее выпущенных J 35А1 с короткой хвостовой частью фюзеляжа. Всего 25 "короткохвостых" J 35А конверсировали в вариант Sk 35С. Работа проводилась на ремонтной базе в Vasteras в период с августа 1961 по июнь 1963 года, двухместные самолеты получили новые серийные номера с 35800 по 35825.
Кресла обучаемого пилота и инструктора расположили одно за другим и закрыли общим каплевидным фонарем. В отличие от одноместного варианта, на самолете Sk 35С двойной фонарь открывался на правую сторону. Для улучшения обзора вперед кресло инструктора установили выше кресло курсанта, но все равно обзор из кабины оказался недостаточным. На переплете фонаря кабины был смонтирован стереоперископ, от которого, по отзывам пилотов, толку было мало, но все же лучше, чем совсем ничего. Ухудшение путевой устойчивости самолета вследствие установки большого двухместного фонаря кабины удалось компенсировать с помощью двух небольших килей, установленных но нижней поверхности крыла.
На двухместных самолетах не было пушечного вооружения, не устанавливались радиолокатор и система управления оружием. Крыльевые пилоны для подвески ракет Rb 24 сохранились, но возможности запуска их не было.
В 1966 году все Sk 35С прошли модернизацию и получили новое радиооборудование, навигационный радиолокатор, модифицированный аварийный генератор и ряд других изменений. В Flygvapnet Sk 35С использовались до 1995 года. Пять самолетов купили ВВС Финляндии. Последний полет финский 35CS совершил в 2000 году.
В августе 1957 года ВВС Швеции утвердили спецификацию на новый вариант "Дракена" — J 35D (David). Основное отличие новой машины — установка более мощного двигателя RM 6С с новой форсажной камерой ЕВК 67. Двигатель обеспечивал статическую тягу 5650 кг (7750 кг с использованием форсажа). Больший расход топлива потребовал увеличения емкости баков. По сравнению с вариантами А и В объем внутренних топливных баков был увеличен на 600 литров.
Кроме этого, новые фюзеляжные пилоны обеспечили возможность подвески двух 500-литровых топливных баков. Программа летных испытаний двигателя RM 6С началась в ноябре 1959 года на опытном самолете с серийным номером 35011 (прототип 35–11 использовался в программе испытаний J 35D, позднее на этом самолете устанавливалось различное РЭО при проведении испытаний Saab J 35F и J 37).
Летные характеристики самолета значительно улучшились, J 35D стал первым серийным вариантом, достигшим в горизонтальном полете значения скорости М=2. Кроме улучшения летных характеристик, установка более мощного двигателя позволила увеличить вес нагрузки на внешних узлах подвески до 2 200 кг.
Изменения в составе радиоэлектронного оборудования включали новый автопилот Saab FH5, радиолокатор Ericsson PS-ОЗ, совмещенный с модернизированной системой управления оружием S7A. Внешне вариант D отличался удлиненными каналами воздухозаборников и измененной верхней частью киля.
Первый образец J 35D, созданный но базе планера J 35А, взлетел 27 декабря 1960 года. Серийное производство началось в 1962 году, поставка в Flygvapnet — в следующем году. Задержки в поставках РЭО привели к тому, что первая партия из тридцати J 35D, выпущенная в 1962 году, не оснащалась радиолокаторами.