Самолеты второй производственной серии, выпущенные в период с 1964 по 1965 год (девяносто самолетов с номерами 35305- 35328), получили обозначение J35D1. Третья производственная серия (серийные номера 35329- 35393), получившая обозначение J35D2, была оснащена полным комплектом радиоэлектронного оборудования, включая радиолокатор PS-03A, систему управления оружием S7A FCS и автопилот 05.
Самолеты Saab J 35D, поступившие на вооружение с неполным составом электронного оборудования, в дальнейшем прошли модернизацию и стали соответствовать стандарту D2, после чего необходимость в делении на типы пропала, и самолеты получили единое обозначение J 35D. Модификации затронули не только радиоэлектронное оборудование. Было также установлено катапультное кресло 73SE-F, обеспечивающее аварийное покидание самолета во всем диапазоне высот и на скоростях выше 100 км/ч. Позднее на все "Дракены" установили катапультное кресло RS35 класса "0–0".
Следом за J 35D был выпущен разведывательный вариант — S 35Е (S Spaning разведчик, Е или Erik пятый тип). Первый J 35Е (серийный номер 35901), переделанный из J35D, взлетел 27 июня 1963 года, за ним последовал серийный самолет, совершивший первый полет 13 мая 1965.
За исключением установки фотокамер и демонтажа вооружения S 35Е мало отличался от J 35D. С другой стороны, размещение громоздких фотокамер в носовой части "Дракена" стало серьезным вызовом инженерным талантом конструкторов. Французская фирма OMERA/Segid доработало камеру OMERA 31 под требования инженеров Saab, что сделало возможным компоновку пяти камер в носовой части самолета. Для обеспечения удобного доступа к разведывательному оборудованию носовой конус монтировался на направляющих и сдвигался вперед. В корневой части крыла вместо пушечного вооружения разместили две длиннофокусные камеры SKa 24-600. Обзор вниз из кабины обеспечивался перископом (своеобразный аналог видоискателя фотокамеры), а рекодер позволял записывать комментарии пилота и фиксировать данные о местоположении самолета, курсе и высоте полета. Разведывательный вариант оснащался новой навигационной системой и системой оповещения об облучении РЛС. В хвостовой части фюзеляжа на воздухозаборниках охлаждения форсажной камеры разместили кассеты выброса ложных целей. Для обеспечения возможности ночной съемки предусматривалась подвеска восьми магниевых осветительных бомб. На крыльевом пилоне устанавливался контейнер со средствами радиопротиводействия.
В период с 1965 по 1966 год 30 Saab S 35Е (номера 36902-35931) были поставлены Flygwapnet. Начиная с серийного номера 35912, самолеты оснащались выпуклым фонарем кабины пилота, более мощным двигателем RM6C с форсажной камерой ЕВК 67 и новой моделью катапультируемого кресла Saab RS35 класса "0–0". В период с осени 1966 года на базе планера J 35D (номера 35932-35960) было выпущено еще 29 S 35Е.