Стандартное оснащение разведывательного "Дракена" включало четыре подвесных 500-литровых бака. Полеты предполагалось осуществлять на малых высотах и больших крейсерских скоростях. Использование таких режимов " неожиданно выявило дефекты, которые при обычной эксплуатации встречались крайне редко. Прежде всего, это были проблемы, связанные с отказами двигателей RM 6С, у которых участились случаи появления трещин и разрушения лопаток турбины.
S 35Е шведских ВВС находились в строю до 1979 года. В начале 70-х самолеты прошли модернизацию и получили улучшенный комплект фо тооборудования и возможность подвески на центральном фюзеляжном пилоне контейнера Vinlen Blue Baron для проведения ночной съемки.
Saab J 35F (Filip) является прямым развитием версии J 35D с двигателем RM6C. Наиболее важным отличием стало оснащение самолета новыми УР класса "воздух-воздух". Появление нового варианта "Дракена", способного осуществлять всеракурсный перехват воздушных целей, явилось завершением создания комплекса ПВО Швеции, включающего истребители-перехватчики J 35F, наземные РЛС и центры управления. Кроме обычной голосовой радиосвязи самолет был оборудован аппаратурой телеметрического канала связи, позволяющей наземной станции наведения выбирать воздушную цель и осуществлять наведение на нее самолета без использования голосовых команд. Центральный вычислитель позволял выбирать наилучшую радиочастоту для канала передачи данных.
Радиоэлектронное оборудование самолета J 35F включало модернизированную систему управления оружием S7B, объединенную с радиолокатором PS-01/A, навигационный радиолокатор PN-594/A и систему опознавания "свой-чужой" PN-793/A.
На самолете установили новые ракеты класса "воздух-воздух" с полуактивной радиолокационной ГСН Rb 27 и ИК ГСН Rb 28 (Hughes AIM-4 Falcon). Максимальная скорость полета J35F с четырьмя ракетами была ограничена значением М=1,4. Пушечное вооружение J35F — одна пушка Aden М/55 с боекомплектом 90 снарядов в корневой части правого крыла. Дополнительные отличия включали модернизированное приборное оснащение кабины, новый каплевидный фонарь и катапультное кресло RS35.