Понятно, что в последующем при массовой эксплуатации и большей интенсивности полетов Ан-12 статистика естественным образом в абсолютных цифрах ухудшалась («больше летали — больше бились»). Так, в 1964 г. были потеряны четыре Ан-12, в 1966 г. — шесть машин этого типа. Однако более обоснованный относительный показатель, с учетом растущего парка самолетов и многократно возросшего налета, имел положительную динамику: в эти годы одно летное происшествие, в среднем, приходилось на 80–90 находившихся в строю Ан-12 (в 1960 г. — одно летное происшествие на 20 самолетов). Все еще недостаточной оценивалась надежность отдельных систем, в первую очередь — управления двигателем и автоматики флюгирования, хотя для многомоторной машины отдельные отказы не были столь критичными, что в большинстве случаев позволяло избежать тяжелых последствий. В августе 1964 г. на самолете командира отряда 334-го полка майора Н.С. Папкина, менее года летавшего на Ан-12, самопроизвольно отключились в полете сразу три двигателя. Благодаря умелым действиям командира и борттехника старшего техник-лейтенанта Кузнецова (техсостав в авиации тогда носил свои, отличающиеся от «летчицких», звания) дело обошлось без аварии: самолет благополучно удалось посадить в поле вне аэродрома, избежав даже повреждений, за что экипаж получил благодарность приказом Главкома ВВС — поощрение, отмечавшееся в личном деле офицера наряду с боевыми наградами.
В то же время негативным тенденциям, помимо статистических данных, способствовали те же давно выявленные теорией факторы: все еще недостаточный, в пределах от одного до нескольких лет, опыт работы экипажей на новой технике, недочеты в обслуживании из-за той же слабой освоенности в ходе недолгой эксплуатации. В итоге к концу 1960- х гг. аварийность Ан-12 достигла своего пика, совпадая по времени с массовым переоснащением частей сотнями новых транспортников. В 1968 г. в летных происшествиях были потеряны десять Ан-12, в следующем году — одиннадцать самолетов.
Что касается причин и обстоятельств, то они повторялись с редким постоянством и на первом плане был тот же «человеческий фактор». 22 мая 1968 г. при ночном взлете из Кривого Рога на Ан-12 майора Виноградова с инструктором полковником Дурымановым борттехник по ошибке вместо уборки фар нажал находившийся рядом другой переключатель и разом выключил все двигатели и электропитание самолета. Вдобавок на обесточенном самолете погасло освещение кабины вместе с подсветкой приборов и управлять машиной пришлось вслепую. Самолет в темноте сел «на брюхо» прямо по курсу на пашню и разрушился. Экипаж отделался ушибами и взысканиями за «безответственное отношение к своим обязанностям». Невезучей машиной оказался единственный в своем роде экземпляр самолета увеличенной дальности Ан-12УД, эксплуатировавшийся в части.
31 октября 1970 г., выруливая со стоянки в Мелитополе, капитан Дрожкин разогнал свой Ан-12БК до недопустимой скорости, не смог затормозить при развороте, самолет не удержался на бетонке и вылетел на грунт. Подломившаяся тележка шасси разбила аккумуляторы и повредила гидравлику, кислородную и электросистему. Пожар, тут же начавшийся от коротких замыканий, брызжущей гидросмесью раздуло в грузовую кабину. Летчики выскочили через аварийный люк, а самолет полностью сгорел.
На это же время пришлись и наиболее тяжелые летные происшествия — столкновения Ан-12 в воздухе, когда целиком гибли экипажи и пассажиры обоих участников инцидента. Летом 1969 г. всего за полтора месяца при столкновениях в воздухе были потеряны сразу три военных Ан-12 и один Ил-14 гражданской авиации. 3 июня 1969 г. при выполнении плановых полетов на аэродроме Псков в воздухе находились два Ан-12АП. Самолет капитана А.К. Шаблинова набирал высоту, когда навстречу ему на посадочный курс по ошибке руководителя полетов был выведен самолет майора В.И. Токарева. Выходя из низкой облачности, на высоте 350 м рядом с краем полосы он врезался лоб в лоб в набиравший высоту встречным курсом транспортник. Погибли оба экипажа, все 14 человек.