К концу 1991 г. (когда распался Советский Союз), Дальняя Авиация, по данным, содержащимся в открытых источниках, располагала 56 самолетами Ту-95МС-16 и 27 Ту-95МС-6. Еще один Ту-95МС-6 (который промышленность не успела передать ВВС СССР) находился на заводе в Куйбышеве, а четыре машины этого типа пребывали на заводе в завершающей стадии производства. К тому времени, по данным СМИ, на вооружение ДА поступило около 2000 крылатых ракет Х-55, которыми оснащались как самолеты Ту-95МС, так и Ту-160.
В 1987 г. началось серийное производство усовершенствованных крылатых ракет Х-55СМ с дальностью, увеличенной до 3500 км. Система наведения ракеты осталась прежней, однако значительное повышение дальности потребовало почти полуторократного увеличения запаса топлива. Чтобы не менять уже отработанную конструкцию ракеты, по бокам ее корпуса, снизу, разместили конформные баки, практически не повлиявшие на аэродинамику и балансировку ракеты. Такое необычное решение позволило сохранить прежние габариты и возможность размещения шести ракет на многопозиционной пусковой установке внутри фюзеляжа Ту-95МС.
В тяжелые для страны 1990-е гг. парк самолетов Ту-95МС, несмотря на труднейшую экономическую ситуацию, в которой оказались отечественные ВВС, сумели сохранить. Наверное, излишне говорить о том, каких сил, пота и нервов это стоило людям, служившим в те годы в вооруженных силах России или работавших в отечественной «оборонке».
Как сообщалось, в 2012 г. Дальняя Авиация России имела 63 ракетоносца Ту-95МС. Таким образом, общая численность всей группировки самолетов типа Ту-95МС за 20 лет сократилась всего на 20 единиц. Следует признать, что, с учетом существовавшей в стране (особенно в 1990-е гг.) политической и экономической ситуации, это весьма низкий уровень «потерь». И заслуга в минимизации этого уровня принадлежит не только личному составу ВВС, сумевшему сохранить свои самолеты для Родины, но и работникам авиационной промышленности, создавшим авиационный комплекс, который с честью пережил «смутные времена», пронесшиеся над Россией, сохранив свою боеспособность.
После страшного разгрома, учиненного в 1990-х гг., в начале 2000 гг. отечественная оборонная промышленность, находившаяся ранее в «глубоком нокдауне», стала постепенно «приходить в себя». Этому способствовало пусть и медленное, но неуклонное изменение внешнеполитического курса страны. Побыв некоторое время (как и ныне «самостийная» Украина) вассалом США, Россия в XXI веке стала вновь осознавать себя великой державой. Это не могло не сказаться и на программах в области оборонного строительства (в частности, программах модернизации самолетов Дальней Авиации).
Нужно сказать, что когда в начале 2000-х гг. самолеты Ту-95МС возобновили дальние патрульные полеты над нейтральными водами, западные СМИ и отдельные политические деятели встретили это событие весьма скептически. Относительно российских самолетов можно было услышать эпитеты «давно устаревшие», «древние», «ржавые» и т.п. Это говорило, в первую очередь, о плохом знании некоторыми западными «экспертами» и референтами ряда видных политических деятелей российской авиационной техники. Если американские бомбардировщики-ракетоносцы В-52Н (самые новые самолеты из семейства «В-52», серийно выпускавшиеся в 1960-1962 гг.), при желании, действительно можно назвать «древними», то с Ту-95МС сложилась совершенно иная ситуация: все машины этого типа были выпущены, по современным меркам, сравнительно недавно - в 1982-1992 гг. Для сравнения, один из самых современных боевых самолетов ВВС США, многофункциональный истребитель поколения «4+» F-15E «Страйк Игл» (новее у американцев на вооружении сегодня только F-22A «Раптор») серийно строился практически одновременно с Ту-95МС, в 1985-2001 гг.